Question

我有一个R脚本，我希望能够提供多个命令行参数（而不是代码本身的硬编码参数值）。该脚本在Windows上运行。

我找不到有关如何将命令行中提供的参数读入R脚本的信息。如果不能做到，我会感到惊讶，所以也许我只是没有在谷歌搜索中使用最好的关键词......

任何指针或建议？

Answer 1

Dirk's answer here就是您需要的一切。这是一个可重复性最小的例子。

我制作了两个文件：exmpl.bat和exmpl.R。

exmpl.bat：

set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
%R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1

或者，使用Rterm.exe：

set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe"
%R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1

exmpl.R：

options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
print(args)
# trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check:
# print(commandArgs(trailingOnly=FALSE))

start_date <- as.Date(args[1])
name <- args[2]
n <- as.integer(args[3])
rm(args)

# Some computations:
x <- rnorm(n)
png(paste(name,".png",sep=""))
plot(start_date+(1L:n), x)
dev.off()

summary(x)

将两个文件保存在同一目录中并启动exmpl.bat。在结果中你会得到：

example.png有一些情节
exmpl.batch完成所有工作

您还可以添加环境变量%R_Script%：

"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"

并在批处理脚本中将其用作%R_Script% <filename.r> <arguments>

RScript和Rterm之间的差异：

Rscript语法更简单
Rscript会自动在x64上选择体系结构（有关详细信息，请参阅R Installation and Administration, 2.6 Sub-architectures）
Rscript在.R文件中需要options(echo=TRUE)

Answer 2

几点：

命令行参数是可以通过commandArgs()访问，所以请参阅help(commandArgs) 概述
您可以在所有平台上使用Rscript.exe，包括Windows。它将支持commandArgs()。 littler可以移植到Windows，但现在只能在OS X和Linux上使用。
CRAN上有两个附加软件包 - getopt和optparse - 这两个软件包都是为命令行解析而编写的。

2015年11月编辑：新的替代品已经出现，我全心全意推荐docopt。

Answer 3

将其添加到脚本的顶部：

args<-commandArgs(TRUE)

然后你可以引用传递为args[1]，args[2]等的参数。

然后运行

Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3

如果你的args是带有空格的字符串，请用双引号括起来。

Answer 4

尝试库（getopt）...如果你想要更好的东西。例如：

spec <- matrix(c(
        'in'     , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
        'gc'     , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
        'out'    , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
        'help'   , 'h', 0, "logical",   "this help"
),ncol=5,byrow=T)

opt = getopt(spec);

if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
    cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
    q();
}

Answer 5

由于optparse已在答案中多次提及，并且它提供了一个用于命令行处理的综合工具包，下面是一个简短的示例，说明如何使用它，假设输入文件存在：< / p>

<强> script.R：

library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
    help="Count the line numbers [default]"),
  make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
    help="Multiply output by this number [default %default]")
)

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args

if(opt$count_lines) {
  print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}

给定一个包含23行的任意文件blah.txt。

在命令行上：

Rscript script.R -h 输出

Usage: script.R [options] file


Options:
        -n, --count_lines
                Count the line numbers [default]

        -f FACTOR, --factor=FACTOR
                Multiply output by this number [default 3]

        -h, --help
                Show this help message and exit

Rscript script.R -n blah.txt 输出 [1] "69"

Rscript script.R -n -f 5 blah.txt 输出 [1] "115"

Answer 6

你需要littler（发音为'little r'）

Dirk将在大约15分钟内完成;）

Answer 7

在bash中，您可以构建如下命令行：

$ z=10
$ echo $z
10
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
[1] 5.5
[1] 3.027650
$

您可以看到变量$z被bash shell替换为“10”，此值由commandArgs获取并输入args[2]，并且范围命令{{ 1}}由R成功执行等等。

Answer 8

仅供参考：有一个函数args（），它检索R函数的参数，不要与名为args的参数向量混淆

Answer 9

如果需要使用flags指定选项（如-h， - help， - number = 42等），可以使用R包optparse（受Python启发）： http://cran.r-project.org/web/packages/optparse/vignettes/optparse.pdf

至少我是如何理解你的问题的，因为我在寻找bash getopt或perl Getopt，或python argparse和optparse的等价物时发现了这篇文章。

Answer 10

我只是将一个很好的数据结构和处理链组合在一起来生成这种切换行为，不需要库。我相信它已经被多次实现了，并且遇到了这个寻找示例的线程 - 我以为我会参与其中。

我甚至没有特别需要标志（这里唯一的标志是调试模式，创建一个我检查的变量作为启动下游函数if (!exists(debug.mode)) {...} else {print(variables)})的条件。标志检查lapply以下陈述与：

相同

if ("--debug" %in% args) debug.mode <- T
if ("-h" %in% args || "--help" %in% args)

其中args是从命令行参数读入的变量（例如，当您提供这些参数时，字符向量相当于c('--debug','--help')）

它可以重用任何其他标志，你可以避免所有的重复，没有库，所以没有依赖：

args <- commandArgs(TRUE)

flag.details <- list(
"debug" = list(
  def = "Print variables rather than executing function XYZ...",
  flag = "--debug",
  output = "debug.mode <- T"),
"help" = list(
  def = "Display flag definitions",
  flag = c("-h","--help"),
  output = "cat(help.prompt)") )

flag.conditions <- lapply(flag.details, function(x) {
  paste0(paste0('"',x$flag,'"'), sep = " %in% args", collapse = " || ")
})
flag.truth.table <- unlist(lapply(flag.conditions, function(x) {
  if (eval(parse(text = x))) {
    return(T)
  } else return(F)
}))

help.prompts <- lapply(names(flag.truth.table), function(x){
# joins 2-space-separatated flags with a tab-space to the flag description
  paste0(c(paste0(flag.details[x][[1]][['flag']], collapse="  "),
  flag.details[x][[1]][['def']]), collapse="\t")
} )

help.prompt <- paste(c(unlist(help.prompts),''),collapse="\n\n")

# The following lines handle the flags, running the corresponding 'output' entry in flag.details for any supplied
flag.output <- unlist(lapply(names(flag.truth.table), function(x){
  if (flag.truth.table[x]) return(flag.details[x][[1]][['output']])
}))
eval(parse(text = flag.output))

请注意，在flag.details这里，命令存储为字符串，然后使用eval(parse(text = '...'))进行评估。 Optparse显然适用于任何严肃的脚本，但有时候功能最少的代码也很好。

示例输出：

$ Rscript check_mail.Rscript --help
--debug Print  variables rather than executing function XYZ...

-h  --help  Display flag definitions

如何从R脚本中读取命令行参数？

10 个答案: