Python中Matlab的'fread'相当于什么?

时间:2010-01-27 10:25:25

标签: python matlab numpy readline fread

我几乎不了解Matlab,需要将一些解析例程转换为Python。它们适用于大型文件,它们本身被分为“块”,而且我从文件顶部的校验和开始就有困难。

Matlab到底发生了什么?

status = fseek(fid, 0, 'cof');
fposition = ftell(fid);
disp(' ');
disp(['** Block ',num2str(iBlock),' File Position = ',int2str(fposition)]);

% ----------------- Block Start ------------------ %
[A, count] = fread(fid, 3, 'uint32');
if(count == 3)
    magic_l = A(1);
    magic_h = A(2);
    block_length = A(3);
else
    if(fposition == file_length)
        disp(['** End of file OK']);
    else
        disp(['** Cannot read block start magic !  Note File Length = ',num2str(file_length)]);
    end
    ok = 0;
    break;
end

fid是当前正在查看的文件 iBlock是一个计数器,你在文件中“阻止”

magic_l和magic_h稍后与校验和有关,这里是代码(直接来自上面的代码):

disp(sprintf('  Magic_L = %08X, Magic_H = %08X, Length = %i', magic_l, magic_h, block_length));
correct_magic_l = hex2dec('4D445254');
correct_magic_h = hex2dec('43494741');

if(magic_l ~= correct_magic_l | magic_h ~= correct_magic_h)
    disp(['** Bad block start magic !']);
    ok = 0;
    return;
end

remaining_length = block_length - 3*4 - 3*4;   % We read Block Header, and we expect a footer
disp(sprintf('  Remaining Block bytes = %i', remaining_length));
  • %08Xhex2dec的内容是怎么回事?
  • 另外,为什么要指定3*4而不是12

实际上,我想知道如何在Python中复制[A, count] = fread(fid, 3, 'uint32');,因为io.readline()只是拉动文件的前3个字符。如果我在这里错过了某点,我会道歉。只是在文件上使用io.readline(3)似乎返回了它不应该返回的内容,并且我不明白block_length如果可能在很长的时间内如何适合单个字节。

感谢您阅读此漫步。我希望你能理解我想知道的一切! (任何见解都值得赞赏。)

4 个答案:

答案 0 :(得分:10)

用于读取1维数组的Python代码

当用Python替换Matlab时,我想将二进制数据读入numpy.array,所以我使用numpy.fromfile将数据读入一维数组:

import numpy as np

with open(inputfilename, 'rb') as fid:
    data_array = np.fromfile(fid, np.int16)

使用numpy.fromfile与其他Python解决方案相比的一些优点包括:

  • 无需手动确定要读取的项目数。您可以使用count=参数指定它们,但默认为-1,表示读取整个文件。
  • 能够指定一个打开的文件对象(就像我上面用fid所做的那样),或者你可以指定一个文件名。我更喜欢使用打开的文件对象,但是如果你想使用文件名,你可以用上面的两行替换:

    data_array = numpy.fromfile(inputfilename, numpy.int16)
    

二维数组的Matlab代码

Matlab的fread能够将数据读入格式为[m, n]的矩阵,而不是仅将其读入列向量。例如,要将数据读入具有2行的矩阵,请使用:

fid = fopen(inputfilename, 'r');
data_array = fread(fid, [2, inf], 'int16');
fclose(fid);

二维数组的等效Python代码

您可以使用Numpy的shapetranspose在Python中处理此方案。

import numpy as np

with open(inputfilename, 'rb') as fid:
    data_array = np.fromfile(fid, np.int16).reshape((-1, 2)).T
  • -1告诉numpy.reshape根据另一个维度推断该维度的数组长度 - 相当于Matlab的inf无穷大表示。
  • .T转换数组,使其成为一个二维数组,第一个维度 - 轴 - 长度为2.

答案 1 :(得分:7)

documentation of fread开始,它是一个读取二进制数据的函数。第二个参数指定输出向量的大小,第三个参数指定读取的项目的大小/类型。

为了在Python中重新创建它,您可以使用array模块:

f = open(...)
import array
a = array.array("L")  # L is the typecode for uint32
a.fromfile(f, 3)

这将读取文件f中的三个uint32值,这些值在a之后可用。来自fromfile的文档:

  

从文件对象f中读取n个项目(作为机器值),并将它们附加到数组的末尾。如果少于n个项目可用,则会引发EOFError,但可用的项目仍会插入到阵列中。 f必须是一个真正的内置文件对象;使用read()方法的其他东西不会。

Arrays实现了序列协议,因此支持与列表相同的操作,但您也可以使用.tolist()方法从数组中创建普通列表。

答案 2 :(得分:2)

  

但实际上,我想知道如何复制[A, count] = fread(fid, 3, 'uint32');

在Matlab中,fread()的一个签名是fread(fileID, sizeA, precision)。这将读取文件的第一个sizeA元素(不是字节),每个元素的大小都足以容纳precision。在这种情况下,由于您正在读取uint32,因此每个元素的大小为32位或4个字节。

因此,请尝试io.readline(12)从文件中获取前3个4字节元素。

答案 3 :(得分:0)

Torsten的回答涵盖了第一部分......无论如何,您将需要arraynumarray对此数据执行任何操作。

对于%08X和hex2dec的东西,%08X只是那些unit32号码的打印格式(8位十六进制,与Python完全相同),而hex2dec('4D445254')是matlab for 0x4D445254。

最后,〜=在matlab中是一个按位比较;在Python中使用==。