**对不起，我对python和java都很陌生，所以我可能不会意识到这已经得到了回答，只需根据我的情况进行调整。
基本上我有一个在python环境中运行的脚本管理器，我需要将数据传递给bonej插件进行分析，然后返回一个数组，然后由另一个python脚本用于进一步分析。
我被引导到jython作为一种方法来做到这一点，但我无法弄清楚如何导入imageJ就好像它是一个模块。
我知道我可以简单地从命令行打开imagej并指导它来分析图像，但这不是我需要的，因为它只返回骨段中的平均值。
基本上我需要告诉imagej它应该分析这段骨骼，返回数组，然后是下一段骨骼。另一个python脚本将数组插入预定义的背景网格。
如果有人对如何从jython实现这个目标和堡垒有一些了解，我将不胜感激。
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您确实可以使用Jython来调用ImageJ。有关概述和大量示例代码，请参阅斐济维基上的Jython scripting页面。从ImageJ开始的一个简单方法是使用Script Editor。然后，您可以使用ImageJ启动程序[instructions]从命令行调用Jython脚本。或者您可以通过adding the needed Java libraries to the classpath的jython可执行文件运行它们。
但要注意：does not provide total integration between Python libraries and Java ones。问题是许多Python库都是由C代码支持的，只能从CPython访问它们，而不能从Jython访问。例如，无法直接从Jython代码调用非常流行的SciPy和NumPy库。