Question

背景
我有一个Python脚本，它使用Fortran代码进行密集计算。我正在使用F2Py来做到这一点。一个特定的Fortran子例程构建了一个用于以后计算的矩阵。该子程序在循环中迭代，并在每一步求解。下面给出了使用基本数组和变量的代码片段：

for i in xrange(steps):
    x+=dx
    F_Output=Matrix_Build_F2Py.hamiltonian_solve(array_1, array_2, array_3, array_4)
    #Do things with F_Output

SUBROUTINE Hamiltonian_Solve(array_1, array_2, array_3, array_4, output_array)

!N_Long, N_Short are implied, Work, RWork, LWork, INFO
INTEGER, INTENT(IN), DIMENSION(0:N_Long-1)  :: array_1, array_2, array_3 
INTEGER, INTENT(IN), DIMENSION(0:N_Short-1) :: array_4
COMPLEX*16,ALLOCATABLE                      :: Hamiltonian(:,:)
COMPLEX*16, DIMENSION(0:N_Short             :: Complex_Var
DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT), DIMENSION(0:N_Short-1)       :: E
INTEGER                                                     :: LWork, INFO, j
COMPLEX*16,       ALLOCATABLE                               :: Work(:)

ALLOCATE(Hamiltonian(0:N_Short-1, 0:N_Short-1))
ALLOCATE(RWork(MAX(1,3*(N_Short-2))))    
ALLOCATE(Work(MAX(1,LWork)))              
ALLOCATE(E(0:N_Short-1)) 

DO h=0, N_Long-1
Hamiltonian(array_1(h),array_2(h))=Hamiltonian(array_1(h),array_2(h))-Complex_Var(h)
END DO


CALL ZHEEV('N','U',N_Short,Hamiltonian,N_Short,E,Work,LWork,RWork,INFO)

DO j=0,N_Short-1
    Output_Array(j)=E(j)
END DO

END SUBROUTINE

但是，由于某种原因，这个子程序崩溃了我的Python程序，并生成以下malloc错误：

error for object 0x1015f9808: incorrect checksum for freed object - object was probably     modified after being freed.

这个错误很不寻常，因为每次都不会发生，但只占很大一部分时间。我已经确定错误的根源在于：

Hamiltonian(array_1(h),array_2(h))=Hamiltonian(array_1(h),array_2(h))-Complex_Var(h)

好像我把它改为：

Hamiltonian(array_1(h),array_2(h))=Hamiltonian(array_1(h),array_2(h))

错误停止。但是，Complex_Var对输出至关重要，否则程序只会产生零。 This线程与我的问题有一些相似之处，但这个问题似乎在每次运行后都会发生，我的不会。我已经注意确保数组没有不匹配，其他安排（即不考虑numpy的不同数组格式）会立即产生分段错误，如预期的那样。

问题
为什么Complex_Var会破坏代码？为什么问题是间歇性的而不是系统性的？是否有任何明显（或不那么明显）的提示可以避免这种情况？

非常感谢任何帮助！

Answer 1

根据第一条评论和问题修订进行更新：

我发现问题表达式中的某些数组具有高维N_long-1（即array_1和array_2）和数组Complex_Var维N_short。循环迭代到N_Long-1。你知道N_Long-1 <= N_short吗？如果没有，您可能正在访问非法下标o Complex_var。您是否知道array_1和array_2中的值始终是Hamilton的合法下标？如果在该数组的保留大小之外写入，则可能会损坏内存分配器在创建某个数组时使用的信息，从而阻止它在以后释放该数组。

如果这是问题，使用编译器的运行时下标检查选项可以帮助您找到类似的错误。

Answer 2

可能是因为您没有deallocate个命令。然而很难说这个明显不完整的代码 - 你能发布实际的代码（即会编译的东西）吗？

使用F2Py的Fortran矩阵的间歇性内存分配错误

2 个答案: