无法在大小为11.8 Gb的R中分配矢量

时间:2014-01-27 12:03:45

标签: r memory-management

我收到此错误“无法在大小为11.8 Gb的R中分配矢量”,因为我的桌面有8 gb ram,我使用的矩阵大小是3000x52128。

这里是避免此内存错误的任何解决方案吗? 尽管我试图将矩阵的大小减小为1500x52128,但我也得到了与11.8 Gb相同的误差和相同的大小。

那我该怎么办? 只有一种解决方案是使用16 GB RAM吗?

附加评论:
当以下命令运行时,我收到此错误。

svmDS <- read.csv("TrainDataSet_ver1.2.csv");
model<-naiveBayes(as.factor(class)~., data=svmDS)

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

通过删除工作区中已有的大对象,以下功能有助于释放工作区。 这不是您问题的直接解决方案。但它也有帮助。

.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by,
                        decreasing=FALSE, head=FALSE, n=5) {
    napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
                                         fn(get(x, pos = pos)))
    names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
    obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
    obj.mode <- napply(names, mode)
    obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
    obj.prettysize <- napply(names, function(x) {
                           capture.output(print(object.size(x), units = "auto")) })
    obj.size <- napply(names, object.size)
    obj.dim <- t(napply(names, function(x)
                        as.numeric(dim(x))[1:2]))
    vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
    obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
    out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.prettysize, obj.dim)
    names(out) <- c("Type", "Size", "PrettySize", "Rows", "Columns")
    if (!missing(order.by))
        out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
    if (head)
        out <- head(out, n)
    out
}

lsos <- function(..., n=10) {
    .ls.objects(..., order.by="Size", decreasing=TRUE, head=TRUE, n=n)
}

lsos()

这将显示工作区中对象的列表,偶尔会显示其中一些对象的列表。{/ p>