Question

我正在分析ALDEx 2中的RNA-Seq数据（http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0067019#s3）。出于某种原因，最终结果表缺少它的q值。我的代码如下，前4行输出。关于（不）发生什么的任何建议？

代码：

data<-read.table("M_ARxCH.txt",sep="\t", header=T,stringsAsFactors=T,row.names=1)
cond<-c("AR","AR","AR","CH","CH","CH")
ARxCH<-aldex(data,cond,mc.samples=256)
ARxCH_Sum<- summary.aldex(ARxCH)

输出：

rab.all.q50 rab.win.AR.q50  rab.win.CH.q50  diff.btw.q50    diff.win.q50    effect.q50  criteria.we.pval    criteria.we.lfdr    criteria.we.BH  criteria.wi.pval    criteria.wi.lfdr    criteria.wi.BH
FBgn0012691 1   1   2   1   6   0   0.71    0.735   0.759   0.705   1   0.979
FBgn0012692 0   0   1   0   6   0   0.577   0.256   0.662   0.907   1   0.993
FBgn0020474 -6  -6  -6  1   2   0   0.451   0.345   0.701   0.554   1   0.905

根据手册，在criteria.we.pval和criteria.we.lfdr之间应该有一个标记为criteria.we.qval的列

Answer 1

Gwilymh，q值被Benjamini-Hochberg错误发现率校正所取代。这是在criteria.we.BH列

中

ALDEx 2未返回q值

1 个答案: