Question

我想将 file2 的第二列与 file1 的第一列进行比较。如果它们相等，我想将 file1 的第二列添加到 file2 ，如 output.txt 所示。

file2的

chr5    ENST00000514151    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +

文件1

ENST00000512281    a
ENST00000504031    b
ENST00000776348    c

output.txt的

chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +

我能够将文件与

进行比较

awk 'NR==FNR{a[$1];next}$2 in a{print}' file1 file2

这给出了以下输出：

chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +

但我不知道如何将第二列col1添加到输出中。

Answer 1

您可以使用$2将file1中a[$1]=$2的值存储到数组中。所以你可以试试：

awk '
   NR==FNR{ 
     a[$1]=$2 ; next }
   $2 in a {
     $1=$1 FS a[$2]
     print 
   }' file1 file2

输出：

chr5 b ENST00000504031 utr5 0 +
chr5 b ENST00000504031 utr5 0 +
chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +
chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +
chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +

<强>解释

使用$1修改file2中的$1=$1 FS a[$2]，其中FS是默认字段分隔符，这是一个空格..然后重建记录，这样它就可以了由print稍后打印..
如果需要，print可以简化为1。赞$2 in a { $1=$1 FS a[$2] }1
请注意，这将重建file2中的记录，因此任何空格或制表符序列都将被截断为输出中的单个空格。要保留file2中的原始格式，可以使用Gnu Awk第4版中的split()函数。

比较两个不同列的文件并打印不同的列

1 个答案: