Question

C中的任何函数是否等同于R中的%in%运算符？请考虑以下R：

中的命令

which(y %in% x)

我试图在C ++中找到相同的东西（特别是在Armadillo中），我找不到任何东西。然后我编写了自己的函数，与上面的R命令相比，这个函数非常慢。

这是我写的：

#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends("RcppArmadillo")]]

// [[Rcpp::export]]
arma::uvec myInOperator(arma::vec myBigVec, arma::vec mySmallVec ){
 arma::uvec rslt = find(myBigVec == mySmallVec[0]);
 for (int i = 1; i < mySmallVec.size(); i++){
   arma::uvec rslt_tmp = find(myBigVec == mySmallVec[i]);
   rslt = arma::unique(join_cols( rslt, rslt_tmp ));
 }
 return rslt;
}

现在在上面的代码中采购后，我们有：

x <- 1:4
y <- 1:10
res <- benchmark(myInOperator(y, x), which(y %in% x), columns = c("test",
      "replications", "elapsed", "relative", "user.self", "sys.self"), 
       order = "relative")

以下是结果：

                 test replications elapsed relative user.self sys.self
 2    which(y %in% x)          100   0.001        1     0.001        0
 1 myInOperator(y, x)          100   0.002        2     0.001        0

任何人都可以指导我找到与之对应的C ++代码（％x中的y％）或者使我的代码更高效吗？两种功能的耗用时间已经很短。我想我的效率意味着更多的是从编程角度以及我对问题的思考方式以及我使用的命令是否有效。

感谢您的帮助。

Answer 1

编辑：感谢@MatthewLundberg和@Yakk抓住我的愚蠢错误。

如果您真正想要的只是更快的匹配，您应该查看Simon Urbanek的fastmatch包。但是，Rcpp确实具有糖in功能，可在此处使用。 in使用fastmatch包中的一些提示，并将其合并到Rcpp中。我也在这里比较@ hadley的解决方案。

// [[Rcpp::plugins("cpp11")]]
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
std::vector<int> sugar_in(IntegerVector x, IntegerVector y) {
  LogicalVector ind = in(x, y);
  int n = ind.size();
  std::vector<int> output;
  output.reserve(n);
  for (int i=0; i < n; ++i) {
    if (ind[i]) output.push_back(i+1);
  }
  return output;
}

// [[Rcpp::export]]
std::vector<int> which_in(IntegerVector x, IntegerVector y) {
  int nx = x.size();
  std::unordered_set<int> z(y.begin(), y.end());
  std::vector<int> output;
  output.reserve(nx);
  for (int i=0; i < nx; ++i) {
    if (z.find( x[i] ) != z.end() ) {
      output.push_back(i+1);
    }
  }
  return output;
}


// [[Rcpp::export]]
std::vector<int> which_in2(IntegerVector x, IntegerVector y) {
  std::vector<int> y_sort(y.size());
  std::partial_sort_copy (y.begin(), y.end(), y_sort.begin(), y_sort.end());

  int nx = x.size();
  std::vector<int> out;

  for (int i = 0; i < nx; ++i) {
    std::vector<int>::iterator found =
      lower_bound(y_sort.begin(), y_sort.end(), x[i]);
    if (found != y_sort.end()) {
      out.push_back(i + 1);
    }
  }
  return out;
}

/*** R
set.seed(123)
library(microbenchmark)
x <- sample(1:100)
y <- sample(1:10000, 1000)
identical( sugar_in(y, x), which(y %in% x) )
identical( which_in(y, x), which(y %in% x) )
identical( which_in2(y, x), which(y %in% x) )
microbenchmark(
  sugar_in(y, x),
  which_in(y, x),
  which_in2(y, x),
  which(y %in% x)
)
*/

在此基础上调用sourceCpp给我

Unit: microseconds
            expr    min      lq  median      uq    max neval
  sugar_in(y, x)  7.590 10.0795 11.4825 14.3630 32.753   100
  which_in(y, x) 40.757 42.4460 43.4400 46.8240 63.690   100
 which_in2(y, x) 14.325 15.2365 16.7005 17.2620 30.580   100
 which(y %in% x) 17.070 21.6145 23.7070 29.0105 78.009   100

Answer 2

对于这组输入，我们可以通过使用技术上具有更高算法复杂度的方法（每次查找的O（ln n）vs O（1））来提高性能，但具有较低的常量：二进制搜索

// [[Rcpp::plugins("cpp11")]]
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
std::vector<int> which_in(IntegerVector x, IntegerVector y) {
  int nx = x.size();
  std::unordered_set<int> z(y.begin(), y.end());
  std::vector<int> output;
  output.reserve(nx);
  for (int i=0; i < nx; ++i) {
    if (z.find( x[i] ) != z.end() ) {
      output.push_back(i+1);
    }
  }
  return output;
}

// [[Rcpp::export]]
std::vector<int> which_in2(IntegerVector x, IntegerVector y) {
  std::vector<int> y_sort(y.size());
  std::partial_sort_copy (y.begin(), y.end(), y_sort.begin(), y_sort.end());

  int nx = x.size();
  std::vector<int> out;

  for (int i = 0; i < nx; ++i) {
    std::vector<int>::iterator found =
      lower_bound(y_sort.begin(), y_sort.end(), x[i]);
    if (found != y_sort.end()) {
      out.push_back(i + 1);
    }
  }
  return out;
}

/*** R
set.seed(123)
library(microbenchmark)
x <- sample(1:100)
y <- sample(1:10000, 1000)
identical( which_in(y, x), which(y %in% x) )
identical( which_in2(y, x), which(y %in% x) )
microbenchmark(
  which_in(y, x),
  which_in2(y, x),
  which(y %in% x)
)
*/

在我的计算机上产生

Unit: microseconds
            expr  min   lq median   uq  max neval
  which_in(y, x) 39.3 41.0   42.7 44.0 81.5   100
 which_in2(y, x) 12.8 13.6   14.4 15.0 23.8   100
 which(y %in% x) 16.8 20.2   21.0 21.9 31.1   100

比基础R好30％左右。

R中%%运算符的C ++版本

2 个答案: