在Mac OSX Maverick上使用GAWK清空输出

Question

我有制表符分隔的文件（抱歉我不知道如何格式化它，不应该是空格，而是制表符）。

""  "logFC" "logCPM"    "LR"    "PValue"    "FDR"
"A1BG"  -0.2    -1.5    5.3 0.0 0.1

标记列和行名称周围有“”，值没有。再次，它以制表符分隔。

我的代码是：

cat file1.csv file2.csv file3.csv | gawk 'NR==1 {if ($1=="something" || $1=="something2") print $1,$2,$4,;}' >  test1.txt

“test1.txt”是空的，我不知道为什么......

所以如果我跑了：

cat file1.csv file2.csv | gawk 'NR==1 {if ($1=="A1BG") print $1,$2,$4,;}' >  A1BG.txt

我希望A1BG.txt看起来像：

""  ""  "logFC" "LR"
file1.csv "A1BG"    -0.2 5.3
file2.csv "A1BG"    y x

Answer 1

你希望在你的awk动作中用NR==1完成什么？这意味着您的操作只会针对您输入的第一行执行。因此，无论您向awk提供多少行输入，该操作将（a）仅运行一次，并且（b）可能不输出任何内容，除非第一行恰好匹配something或something2

我不清楚你要做什么，但也许这会有所帮助：

gawk '
  NR==1 {print}
  $1 == "something" || $1 == "something2" {print FILENAME, $1,$2,$4}
' file1.csv file2.csv file3.csv >  test1.txt

这将针对每一行运行，而不仅仅是第一行。如果第一个字段为something或something2，则会打印字段1,2和4。

更新：我已将其修改为打印输入的第一行。