如何创建大距离矩阵？

Question

如何以适当的方式分配一个巨大的距离矩阵，以避免“分配 无法“错误。想象一下你有一个随机扩散的100.000分 空间。如何巧妙地创建一个矩阵或“dist” - 对象，它代表了 DistMatrix的一半。也许它应该是另一个对象，它将能够有效地分配大量的距离。

您可以从以下链接获取多边形对象： https://www.dropbox.com/sh/65c3rke0gi4d8pb/LAKJWhwm-l

# Load required packages
library(sp)
library(maptools)
library(maps)

# Load the polygonal object
x <- readShapePoly("vg250_gem.shp")

# Sample or Pick up a large Number of Points
# this command needs some minutes to be done. 
# "coord" is SpatialPoints Object
n <- 1e5
coord <- spsample(x, n, "random")
# Try to measure the distances by dist() 

DistMatrix <- dist(coord@coords)
Error: negative length vectors are not allowed

# Try to measure the distances by spDists()
DistMatrix <- spDists(coord)
Error: cannot allocate vector of size (some number) MB

# It seems that the problem lies on large matrix to be created. 

对于大量的“n”，这个问题在R中是如何解决的。

Answer 1

此时R无法分配随机数的兆字节RAM。此时，您的计算机正在其他地方使用其所有内存，并且没有（某些数量）MBytes可供您的进程继续使用。此时您有几种解决方案。其中，获得具有更多RAM，关闭程序或以较小批量进行距离计算的机器。尝试更小的n;当它工作时，只需重复几次，直到你拥有整个距离矩阵。