Question

我们创建一个扭矩pbs文件“ testpbs ”，如下所示：

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

sleep  20

然后提交了testbps文件。

qsub testpbs

我们收到了错误消息：

more testpbs.sh.err

/var/spool/torque/mom_priv/jobs/8.centos64.SC:line 9：sleep：command   找不到

但是，我们在命令行中运行 sleep 20 。没有错误发生。

$ sleep 20

提前致谢。

我们在shell中运行了 echo $ PATH 并获得了以下内容：

echo $ PATH

/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin： /usr/sbin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin:/data/software/cufflinks-2.0.2 .Linux_x86_64：/home/amin/bin/blast-2.2.19：/根/ bin中：/家庭/阿明/ bin中

我们使用 qstat -f jobid 查看此作业的详细信息。

PBS_O_LOGNAME =阿明，

PBS_O_PATH = /usr/lib64/qt-3.3/bin： / usr / local / sbin ： / usr / local / bin ：   / sbin： / bin ：/ usr / sbin： / usr / bin ：/ sbin：/ bin：/ usr / sbin：/ usr / bin：   / usr / X11R6 / bin：/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin：   /data/software/cufflinks-2.0.2.Linux_x86_64：   /home/amin/bin/blast-2.2.19：/ root / bin：/ home / aimin / bin，

PBS_O_MAIL =的/ var /线轴/邮件/根，

PBS_O_SHELL = /斌/庆典，

PBS_O_LANG =的en_US.UTF-8，

PBS_O_WORKDIR = /数据/软件/扭矩4.2.6.1，

PBS_O_HOST = centos64，

PBS_O_SERVER = centos64

感谢larsks的大力帮助。以下作品：

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

export PATH=$PBS_O_PATH
sleep  20

Answer 1

尝试使用命令的完整路径替换sleep（可能是/usr/bin/sleep），看看是否会改变行为。如果是这样，那么你的脚本在Torque下运行时，只会有一个不同的（或空的）$PATH变量。

您可以（a）继续使用显式路径，或（b）在脚本中明确设置$PATH，例如：

PATH=/bin:/usr/bin:/usr/local/bin

在扭矩pbs中找不到睡眠命令但在壳中工作

1 个答案: