从文本文件中删除字符串

Question

我的文件包含核苷酸的文本字符串（A，C，G，T）。我想从文本文件中找到特定字符串并删除它们。

例如：

ACTGGGCTGTCCAACTG     
ACTTCTGGGTCGAACTG     
CCCACTTCTGGGTTCAA

我想从所有行中删除此部分ACT和GGG 然后我将使用此字符串获取文件：

CTGTCCAACTG    
TCTTCGAACTG    
CCCTCTTTCAA

Answer 1

sed可以帮助您：

sed 's/ACT//g; s/GGG//g' inputFile

即。用空字符串替换所有出现的ACT和GGG。

Answer 2

您可以尝试：

awk '{gsub(/ACT|GGG/,"")}1' file

Answer 3

使用sed

sed -r 's/(ACT|GGG)//g' file

Answer 4

perl -pe 's/ACT|GGG//g' your_file