我正在尝试将对plyr的理解转移到dplyr中,但我无法弄清楚如何按多列进行分组。
# make data with weird column names that can't be hard coded
data = data.frame(
asihckhdoydkhxiydfgfTgdsx = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
a30mvxigxkghc5cdsvxvyv0ja = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
value = rnorm(100)
)
# get the columns we want to average within
columns = names(data)[-3]
# plyr - works
ddply(data, columns, summarize, value=mean(value))
# dplyr - raises error
data %.%
group_by(columns) %.%
summarise(Value = mean(value))
#> Error in eval(expr, envir, enclos) : index out of bounds
将plyr示例转换为dplyr-esque语法我缺少什么?
编辑2017 :Dplyr已更新,因此可以使用更简单的解决方案。查看当前选择的答案。
答案 0 :(得分:99)
只是为了完整地编写代码,这里是对Hadley的新语法答案的更新:
library(dplyr)
df <- data.frame(
asihckhdoydk = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
a30mvxigxkgh = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
value = rnorm(100)
)
# Columns you want to group by
grp_cols <- names(df)[-3]
# Convert character vector to list of symbols
dots <- lapply(grp_cols, as.symbol)
# Perform frequency counts
df %>%
group_by_(.dots=dots) %>%
summarise(n = n())
输出:
Source: local data frame [9 x 3]
Groups: asihckhdoydk
asihckhdoydk a30mvxigxkgh n
1 A A 10
2 A B 10
3 A C 13
4 B A 14
5 B B 10
6 B C 12
7 C A 9
8 C B 12
9 C C 10
答案 1 :(得分:57)
dplyr对此的支持目前相当薄弱,最终我认为语法将是这样的:
df %.% group_by(.groups = c("asdfgfTgdsx", "asdfk30v0ja"))
但这可能不会存在一段时间(因为我需要考虑所有后果)。
与此同时,您可以使用regroup()
,其中包含符号列表:
library(dplyr)
df <- data.frame(
asihckhdoydk = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
a30mvxigxkgh = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
value = rnorm(100)
)
df %.%
regroup(list(quote(asihckhdoydk), quote(a30mvxigxkgh))) %.%
summarise(n = n())
如果您有列名称的字符向量,则可以使用lapply()
和as.symbol()
将其转换为正确的结构:
vars <- setdiff(names(df), "value")
vars2 <- lapply(vars, as.symbol)
df %.% regroup(vars2) %.% summarise(n = n())
答案 2 :(得分:37)
自此问题发布以来,dplyr添加了group_by
(documentation here)的范围版本。这使您可以使用与select
相同的功能,如下所示:
data = data.frame(
asihckhdoydkhxiydfgfTgdsx = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
a30mvxigxkghc5cdsvxvyv0ja = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
value = rnorm(100)
)
# get the columns we want to average within
columns = names(data)[-3]
library(dplyr)
df1 <- data %>%
group_by_at(vars(one_of(columns))) %>%
summarize(Value = mean(value))
#compare plyr for reference
df2 <- plyr::ddply(data, columns, plyr::summarize, value=mean(value))
table(df1 == df2, useNA = 'ifany')
## TRUE
## 27
示例问题的输出符合预期(请参阅上面的plyr和下面的输出的比较):
# A tibble: 9 x 3
# Groups: asihckhdoydkhxiydfgfTgdsx [?]
asihckhdoydkhxiydfgfTgdsx a30mvxigxkghc5cdsvxvyv0ja Value
<fctr> <fctr> <dbl>
1 A A 0.04095002
2 A B 0.24943935
3 A C -0.25783892
4 B A 0.15161805
5 B B 0.27189974
6 B C 0.20858897
7 C A 0.19502221
8 C B 0.56837548
9 C C -0.22682998
请注意,由于dplyr::summarize
一次只剥离了一层分组,因此你仍然会在结果的某个组中进行一些分组(有时可能会让人感到困惑)。如果您希望绝对安全地避免意外的分组行为,您可以在汇总后始终将%>% ungroup
添加到管道中。
答案 3 :(得分:25)
现在,dplyr
函数的变体支持dplyr
中列的字符串规范,其名称以下划线结尾。例如,对应于group_by
函数,有一个group_by_
函数可以接受字符串参数。 This vignette详细描述了这些函数的语法。
以下代码片段干净地解决了@sharoz最初提出的问题(请注意需要写出.dots
参数):
# Given data and columns from the OP
data %>%
group_by_(.dots = columns) %>%
summarise(Value = mean(value))
(请注意,dplyr现在使用%>%
运算符,并且不推荐使用%.%
。
答案 4 :(得分:17)
直到dplyr完全支持字符串参数,或许这个要点很有用:
https://gist.github.com/skranz/9681509
它包含许多使用字符串参数的包装函数,如s_group_by,s_mutate,s_filter等。您可以将它们与正常的dplyr函数混合使用。例如
cols = c("cyl","gear")
mtcars %.%
s_group_by(cols) %.%
s_summarise("avdisp=mean(disp), max(disp)") %.%
arrange(avdisp)
答案 5 :(得分:11)
如果你传递对象(好吧,你不是,但是......)而不是作为一个角色向量,它是有效的:
df %.%
group_by(asdfgfTgdsx, asdfk30v0ja) %.%
summarise(Value = mean(value))
> df %.%
+ group_by(asdfgfTgdsx, asdfk30v0ja) %.%
+ summarise(Value = mean(value))
Source: local data frame [9 x 3]
Groups: asdfgfTgdsx
asdfgfTgdsx asdfk30v0ja Value
1 A C 0.046538002
2 C B -0.286359899
3 B A -0.305159419
4 C A -0.004741504
5 B B 0.520126476
6 C C 0.086805492
7 B C -0.052613078
8 A A 0.368410146
9 A B 0.088462212
其中df
是您的data
。
?group_by
说:
...: variables to group by. All tbls accept variable names, some
will also accept functons of variables. Duplicated groups
will be silently dropped.
我解释为不是名字的字符版本,而是如何在foo$bar
中引用它们;此处未引用bar
。或者您如何引用公式中的变量:foo ~ bar
。
df %.%
group_by("asdfgfTgdsx", "asdfk30v0ja") %.%
summarise(Value = mean(value))
但是你无法传递未评估的不是数据对象中变量名称的东西。
我认为这是由于Hadley使用内部方法查找通过...
参数传递的内容。
答案 6 :(得分:4)
data = data.frame(
my.a = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
my.b = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
value = rnorm(100)
)
group_by(data,newcol=paste(my.a,my.b,sep="_")) %>% summarise(Value=mean(value))
答案 7 :(得分:3)
这里的答案中缺少的一个(微小的)案例,我希望明确的是,分组变量是在流水线的中游动态生成的:
library(wakefield)
df_foo = r_series(rnorm, 10, 1000)
df_foo %>%
# 1. create quantized versions of base variables
mutate_each(
funs(Quantized = . > 0)
) %>%
# 2. group_by the indicator variables
group_by_(
.dots = grep("Quantized", names(.), value = TRUE)
) %>%
# 3. summarize the base variables
summarize_each(
funs(sum(., na.rm = TRUE)), contains("X_")
)
这基本上说明了如何将grep
与group_by_(.dots = ...)
结合使用来实现这一目标。
答案 8 :(得分:3)
以上所有答案仍然有效,带有 .dots 参数的解决方案很有趣。
但如果您正在寻找更容易记住的解决方案,新的 across()
会派上用场。它由 Hadley Wickham 于 2020-04-03 发布,可用于 mutate()
和 summarise()
并替换 _at
或 _all
等范围变体。最重要的是,它非常优雅地用引用/取消引用(例如 !!! rlang::syms()
)替换了繁琐的非标准评估 (NSE)。
所以带有 across
的解决方案看起来非常具有可读性:
data %>%
group_by(across(all_of(columns))) %>%
summarize(Value = mean(value))
答案 9 :(得分:1)
使用.dots
参数作为dplyr::group_by
函数的字符向量输入的一般示例:
iris %>%
group_by(.dots ="Species") %>%
summarise(meanpetallength = mean(Petal.Length))
或者没有分组变量的硬编码名称(如OP要求的那样):
iris %>%
group_by(.dots = names(iris)[5]) %>%
summarise_at("Petal.Length", mean)
以OP为例:
data %>%
group_by(.dots =names(data)[-3]) %>%
summarise_at("value", mean)
另请参阅dplyr vignette on programming,其中解释了代词,准引号,等价词和tidyeval。