使用字符串向量输入在dplyr中按多列分组

时间:2014-01-18 19:26:51

标签: r dplyr

我正在尝试将对plyr的理解转移到dplyr中,但我无法弄清楚如何按多列进行分组。

# make data with weird column names that can't be hard coded
data = data.frame(
  asihckhdoydkhxiydfgfTgdsx = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
  a30mvxigxkghc5cdsvxvyv0ja = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
  value = rnorm(100)
)

# get the columns we want to average within
columns = names(data)[-3]

# plyr - works
ddply(data, columns, summarize, value=mean(value))

# dplyr - raises error
data %.%
  group_by(columns) %.%
  summarise(Value = mean(value))
#> Error in eval(expr, envir, enclos) : index out of bounds

将plyr示例转换为dplyr-esque语法我缺少什么?

编辑2017 :Dplyr已更新,因此可以使用更简单的解决方案。查看当前选择的答案。

10 个答案:

答案 0 :(得分:99)

只是为了完整地编写代码,这里是对Hadley的新语法答案的更新:

library(dplyr)

df <-  data.frame(
    asihckhdoydk = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
    a30mvxigxkgh = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
    value = rnorm(100)
)

# Columns you want to group by
grp_cols <- names(df)[-3]

# Convert character vector to list of symbols
dots <- lapply(grp_cols, as.symbol)

# Perform frequency counts
df %>%
    group_by_(.dots=dots) %>%
    summarise(n = n())

输出:

Source: local data frame [9 x 3]
Groups: asihckhdoydk

  asihckhdoydk a30mvxigxkgh  n
1            A            A 10
2            A            B 10
3            A            C 13
4            B            A 14
5            B            B 10
6            B            C 12
7            C            A  9
8            C            B 12
9            C            C 10

答案 1 :(得分:57)

dplyr对此的支持目前相当薄弱,最终我认为语法将是这样的:

df %.% group_by(.groups = c("asdfgfTgdsx", "asdfk30v0ja"))

但这可能不会存在一段时间(因为我需要考虑所有后果)。

与此同时,您可以使用regroup(),其中包含符号列表:

library(dplyr)

df <-  data.frame(
  asihckhdoydk = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
  a30mvxigxkgh = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
  value = rnorm(100)
)

df %.%
  regroup(list(quote(asihckhdoydk), quote(a30mvxigxkgh))) %.%
  summarise(n = n())

如果您有列名称的字符向量,则可以使用lapply()as.symbol()将其转换为正确的结构:

vars <- setdiff(names(df), "value")
vars2 <- lapply(vars, as.symbol)

df %.% regroup(vars2) %.% summarise(n = n())

答案 2 :(得分:37)

自此问题发布以来,dplyr添加了group_bydocumentation here)的范围版本。这使您可以使用与select相同的功能,如下所示:

data = data.frame(
    asihckhdoydkhxiydfgfTgdsx = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
    a30mvxigxkghc5cdsvxvyv0ja = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
    value = rnorm(100)
)

# get the columns we want to average within
columns = names(data)[-3]

library(dplyr)
df1 <- data %>%
  group_by_at(vars(one_of(columns))) %>%
  summarize(Value = mean(value))

#compare plyr for reference
df2 <- plyr::ddply(data, columns, plyr::summarize, value=mean(value))
table(df1 == df2, useNA = 'ifany')
## TRUE 
##  27 

示例问题的输出符合预期(请参阅上面的plyr和下面的输出的比较):

# A tibble: 9 x 3
# Groups:   asihckhdoydkhxiydfgfTgdsx [?]
  asihckhdoydkhxiydfgfTgdsx a30mvxigxkghc5cdsvxvyv0ja       Value
                     <fctr>                    <fctr>       <dbl>
1                         A                         A  0.04095002
2                         A                         B  0.24943935
3                         A                         C -0.25783892
4                         B                         A  0.15161805
5                         B                         B  0.27189974
6                         B                         C  0.20858897
7                         C                         A  0.19502221
8                         C                         B  0.56837548
9                         C                         C -0.22682998

请注意,由于dplyr::summarize一次只剥离了一层分组,因此你仍然会在结果的某个组中进行一些分组(有时可能会让人感到困惑)。如果您希望绝对安全地避免意外的分组行为,您可以在汇总后始终将%>% ungroup添加到管道中。

答案 3 :(得分:25)

现在,dplyr函数的变体支持dplyr中列的字符串规范,其名称以下划线结尾。例如,对应于group_by函数,有一个group_by_函数可以接受字符串参数。 This vignette详细描述了这些函数的语法。

以下代码片段干净地解决了@sharoz最初提出的问题(请注意需要写出.dots参数):

# Given data and columns from the OP

data %>%
    group_by_(.dots = columns) %>%
    summarise(Value = mean(value))

(请注意,dplyr现在使用%>%运算符,并且不推荐使用%.%

答案 4 :(得分:17)

直到dplyr完全支持字符串参数,或许这个要点很有用:

https://gist.github.com/skranz/9681509

它包含许多使用字符串参数的包装函数,如s_group_by,s_mutate,s_filter等。您可以将它们与正常的dplyr函数混合使用。例如

cols = c("cyl","gear")
mtcars %.%
  s_group_by(cols) %.%  
  s_summarise("avdisp=mean(disp), max(disp)") %.%
  arrange(avdisp)

答案 5 :(得分:11)

如果你传递对象(好吧,你不是,但是......)而不是作为一个角色向量,它是有效的:

df %.%
    group_by(asdfgfTgdsx, asdfk30v0ja) %.%
    summarise(Value = mean(value))

> df %.%
+   group_by(asdfgfTgdsx, asdfk30v0ja) %.%
+   summarise(Value = mean(value))
Source: local data frame [9 x 3]
Groups: asdfgfTgdsx

  asdfgfTgdsx asdfk30v0ja        Value
1           A           C  0.046538002
2           C           B -0.286359899
3           B           A -0.305159419
4           C           A -0.004741504
5           B           B  0.520126476
6           C           C  0.086805492
7           B           C -0.052613078
8           A           A  0.368410146
9           A           B  0.088462212

其中df是您的data

?group_by说:

 ...: variables to group by. All tbls accept variable names, some
      will also accept functons of variables. Duplicated groups
      will be silently dropped.

我解释为不是名字的字符版本,而是如何在foo$bar中引用它们;此处未引用bar。或者您如何引用公式中的变量:foo ~ bar

@Arun还提到你可以这样做:

df %.%
    group_by("asdfgfTgdsx", "asdfk30v0ja") %.%
    summarise(Value = mean(value))

但是你无法传递未评估的不是数据对象中变量名称的东西。

我认为这是由于Hadley使用内部方法查找通过...参数传递的内容。

答案 6 :(得分:4)

data = data.frame(
  my.a = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
  my.b = sample(LETTERS[1:3], 100, replace=TRUE),
  value = rnorm(100)
)

group_by(data,newcol=paste(my.a,my.b,sep="_")) %>% summarise(Value=mean(value))

答案 7 :(得分:3)

这里的答案中缺少的一个(微小的)案例,我希望明确的是,分组变量是在流水线的中游动态生成的:

library(wakefield)
df_foo = r_series(rnorm, 10, 1000)
df_foo %>% 
  # 1. create quantized versions of base variables
  mutate_each(
    funs(Quantized = . > 0)
  ) %>% 
  # 2. group_by the indicator variables
  group_by_(
    .dots = grep("Quantized", names(.), value = TRUE)
    ) %>% 
  # 3. summarize the base variables
  summarize_each(
    funs(sum(., na.rm = TRUE)), contains("X_")
  )

这基本上说明了如何将grepgroup_by_(.dots = ...)结合使用来实现这一目标。

答案 8 :(得分:3)

使用来自 dplyr 1.0.0 的 cross() 更新

以上所有答案仍然有效,带有 .dots 参数的解决方案很有趣。

但如果您正在寻找更容易记住的解决方案,新的 across() 会派上用场。它由 Hadley Wickham 于 2020-04-03 发布,可用于 mutate()summarise() 并替换 _at_all 等范围变体。最重要的是,它非常优雅地用引用/取消引用(例如 !!! rlang::syms())替换了繁琐的非标准评估 (NSE)。

所以带有 across 的解决方案看起来非常具有可读性:

data %>%
  group_by(across(all_of(columns))) %>%
  summarize(Value = mean(value))

答案 9 :(得分:1)