一个模拟的产物是一个大的data.frame，具有固定的列和行。我运行了数百次模拟，每个结果存储在一个单独的RData文件中（为了有效读取）。
现在我想收集所有这些文件，并将这个data.frame的每个字段的统计信息创建到“单元格”结构中，该结构基本上是一个向量列表。我就是这样做的：
#colscount, rowscount - number of columns and rows from each simulation
#simcount - number of simulation.
#colnames - names of columns of simulation's data frame.
#simfilenames - vector with filenames with each simulation
cells<-as.list(rep(NA, colscount))
for(i in 1:colscount)
{
cells[[i]]<-as.list(rep(NA,rowscount))
for(j in 1:rows)
{
cells[[i]][[j]]<-rep(NA,simcount)
}
}
names(cells)<-colnames
addcells<-function(simnr)
# This function reads and appends simdata to "simnr" position in each cell in the "cells" structure
{
simdata<readRDS(simfilenames[[simnr]])
for(i in 1:colscount)
{
for(j in 1:rowscount)
{
if (!is.na(simdata[j,i]))
{
cells[[i]][[j]][simnr]<-simdata[j,i]
}
}
}
}
library(plyr)
a_ply(1:simcount,1,addcells)
问题是，这就是
> system.time(dane<-readRDS(path.cat(args$rdatapath,pliki[[simnr]]))$dane)
user system elapsed
0.088 0.004 0.093
虽然
? system.time(addcells(1))
user system elapsed
147.328 0.296 147.644
我希望这两个命令具有可比较的执行时间（或者至少后者最多可以慢10倍）。我想我在做一些非常低效的事情，但是什么呢？整个cells数据结构相当大，需要大约1GB的内存。
我需要以这种方式转置数据，因为后来我对结果做了很多描述性统计（比如计算方法，sd，分位数和直方图），所以重要的是，每个单元格的数据都存储为a（单维）向量。
以下是分析输出：
> summaryRprof('/tmp/temp/rprof.out')
$by.self
self.time self.pct total.time total.pct
"[.data.frame" 71.98 47.20 129.52 84.93
"names" 11.98 7.86 11.98 7.86
"length" 10.84 7.11 10.84 7.11
"addcells" 10.66 6.99 151.52 99.36
".subset" 10.62 6.96 10.62 6.96
"[" 9.68 6.35 139.20 91.28
"match" 6.06 3.97 11.36 7.45
"sys.call" 4.68 3.07 4.68 3.07
"%in%" 4.50 2.95 15.86 10.40
"all" 4.28 2.81 4.28 2.81
"==" 2.34 1.53 2.34 1.53
".subset2" 1.28 0.84 1.28 0.84
"is.na" 1.06 0.70 1.06 0.70
"nargs" 0.62 0.41 0.62 0.41
"gc" 0.54 0.35 0.54 0.35
"!" 0.42 0.28 0.42 0.28
"dim" 0.34 0.22 0.34 0.22
".Call" 0.12 0.08 0.12 0.08
"readRDS" 0.10 0.07 0.12 0.08
"cat" 0.10 0.07 0.10 0.07
"readLines" 0.04 0.03 0.04 0.03
"strsplit" 0.04 0.03 0.04 0.03
"addParaBreaks" 0.02 0.01 0.04 0.03
看起来索引列表结构需要花费很多时间。但我不能使它成为数组，因为并非所有单元格都是数字，而R不容易支持哈希映射...