Question

我正在运行R 3.0.2并尝试在Mac OSX 10.9，CentOS 6.4和5.4上安装gplots。但它在所有平台上都失败了。主要原因应该是gdata需要gtools而gtools需要gdata。

因此，如果单独尝试安装gtools或gdata，则会阻止您

> install.packages("gtools")
also installing the dependency ‘gdata’
...
ERROR: dependency ‘gtools’ is not available for package ‘gdata’
ERROR: dependency ‘gdata’ is not available for package ‘gtools’

但是，基于CRAN package info，依赖树应该是

gplots --> gdata --> gtools
A --> B: A depends on B

那么是否有任何解决方法或者应该在上游报告？

编辑：

我设法通过修改gtools的源代码来安装它们：

> download.packages("gtools", destdir=".")  # currently 3.2.0

解压缩（tar zxf ./gtools_3.2.0.tar.gz）然后删除文件DESCRIPTION

中的行

# in gtools/DESCRIPTION
Imports: gdata  # <-- remove this line

然后在本地安装gtools

> install.packages("gtools", repos=NULL)
...
file ‘DESCRIPTION’ has the wrong MD5 checksum
...

应该成功安装，从而解决周期性依赖性。

可以完成所有其余的工作

> install.packages("gplots")

此解决方案最初由Wush Wu提供。

Answer 1

我是gtools的维护者。

确实存在gtools 3.2.0中的循环依赖，我在星期六将其推送到CRAN。

CRAN已将gtools回滚到3.1.1（问题出现之前），我刚刚向CRAN提交了gtools 3.2.1（纠正了问题）。

-Greg

在R 3.0.2中安装gplots，gdata和gtools的循环依赖项

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