在ggplot2中创建密度直方图？

Question

我想用ggplot2创建下一个直方图密度图。以“正常”方式（基础包）非常简单：

set.seed(46)
vector <- rnorm(500)  
breaks <- quantile(vector,seq(0,1,by=0.1))
labels = 1:(length(breaks)-1)
den = density(vector)
hist(df$vector,
     breaks=breaks,
     col=rainbow(length(breaks)),
     probability=TRUE)
lines(den)

到目前为止，我已经达到了这个目标：

seg <- cut(vector,breaks,
           labels=labels,
           include.lowest = TRUE, right = TRUE)
df = data.frame(vector=vector,seg=seg)

ggplot(df) + 
     geom_histogram(breaks=breaks,
                    aes(x=vector,
                        y=..density..,
                        fill=seg)) + 
     geom_density(aes(x=vector,
                      y=..density..))

但“y”尺度有错误的尺寸。我注意到下一次运行会得到“y”比例。

 ggplot(df) + 
     geom_histogram(breaks=breaks,
                    aes(x=vector,
                    y=..density..,
                    fill=seg)) + 
     geom_density(aes(x=vector,
                      y=..density..))

我只是不明白。 y=..density..在那里，应该是高度。那么为什么我试图填充它时我的尺度会被修改？

我确实需要颜色。我只想要一个直方图，其中根据默认的ggplot填充颜色定向设置每个块的中断和颜色。

Answer 1

手动，我为你的百分位数添加了颜色。看看这是否适合你。

library(ggplot2)

ggplot(df, aes(x=vector)) +   
   geom_histogram(breaks=breaks,aes(y=..density..),colour="black",fill=c("red","orange","yellow","lightgreen","green","darkgreen","blue","darkblue","purple","pink")) + 
   geom_density(aes(y=..density..)) +
   scale_x_continuous(breaks=c(-3,-2,-1,0,1,2,3)) +
   ylab("Density") + xlab("df$vector") + ggtitle("Histogram of df$vector") +
   theme_bw() + theme(plot.title=element_text(size=20),
                      axis.title.y=element_text(size = 16, vjust=+0.2),
                      axis.title.x=element_text(size = 16, vjust=-0.2),
                      axis.text.y=element_text(size = 14),
                      axis.text.x=element_text(size = 14),
                      panel.grid.major = element_blank(),
                      panel.grid.minor = element_blank())

Answer 2

fill=seg会导致分组。实际上，您为seg的每个值获得了不同的直方图。如果您不需要颜色，可以使用：

ggplot(df) + 
  geom_histogram(breaks=breaks,aes(x=vector,y=..density..), position="identity") + 
  geom_density(aes(x=vector,y=..density..))

如果您需要颜色，最简单的方法是计算ggplot2之外的密度值。

Answer 3

或带有ggpubr

的选项

library(ggpubr)
gghistogram(df, x = "vector", add = "mean", rug = TRUE, fill = "seg",
   palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#E5A800", "#00BFAB", "#01ADFA", 
   "#00FABA", "#00BEAF", "#01AEBF", "#00EABA", "#00EABB"), add_density = TRUE)

Answer 4

关于解释y-axis的困惑可能是由于绘制密度而不是计数。因此，y-axis上的值是样本总数的比例，其中条的和等于1 。