Question

我为ImageJ / FIJI编写了一个宏来解卷积我的共聚焦显微镜图像并运行“3D对象计数器”插件。宏成功运行所有必需的命令，并将所有必需的数据保存在指定的位置。

但是，我发现3D-OC自动阈值（如插件对话框中所示）是严格的，导致对象丢失或分裂。为了解决这个问题，我想通过一个类似于此处所做的预定函数来减少自动阈值（来自：How to get threshold value used by auto threshold Plugin），这导致了这段代码：

setAutoThreshold();
   getThreshold(lower,upper);
   v=setThreshold(lower,upper*0.5);
   run("3D Objects Counter", "threshold="v" slice=10 min.=400 max.=20971520 objects statistics summary");

我们的想法是调用AutoThreshold值，修改它们并将它们设置为变量。但是，当运行这些行时，将返回以下错误：

Number or numeric function expected in line 3.
v=<setThreshold>(lower,upper*0.5);

如果变量直接插入运行的阈值键（3D-OC），则会遇到以下消息：

Numeric value expected in run() function
Key:"threshold"
Value or variable name:"setThreshold(lower,upper*0.5"

关于如何将3D-OC阈值指定为所描述的变量的任何建议或帮助将不胜感激（当然，任何工作都可以:)）。

干杯

编辑：在下面测试Jan的响应后（效果很好），看来我需要调用3D-OC插件设置的阈值。有谁知道怎么做？

Answer 1

getThreshold(lower, upper)函数返回提供的变量中的下限和上限阈值。无需为新变量分配任何值，正如您所观察到的，setThreshold没有任何返回值。

相反，您可以使用从getThreshold返回的值，并将它们用作run方法中的参数（以正确的方式，通过字符串连接，请参阅here）：

setAutoThreshold();
getThreshold(lower, v);
run("3D Objects Counter", "threshold=" + v + " slice=10 min.=400 max.=20971520 objects statistics summary");

或者，您可以在第二个参数中使用&v以避免最后一行中的字符串连接（请参阅documentation for the run() macro function）：

run("3D Objects Counter", "threshold=&v slice=10 min.=400 max.=20971520 objects statistics summary");

您可能必须使用较低的阈值而不是较高的阈值，具体取决于您是计算亮对象还是暗对象。

将阈值设置为autoThreshold的函数

1 个答案: