Question

我多次搜索，但没有解决问题。我使用system（）/ unix（）从matlab调用了一个外部R脚本，发现共享库被误加载。我知道matlab中的环境是错误的。我也尝试在xterm或gnome-terminal中包装命令，但没有成功。如何加载正确的env变量？有没有办法在调用之前重置回操作系统的env变量？

>> !export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/ 
   % also tried - !export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64;
>> unix('Rscript /home/gary/testRF1.R')
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so':
  /usr/local/MATLAB/R2012a/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4' not found (required by /usr/lib/liblapack.so.3gf)
During startup - Warning message:
package ‘stats’ in options("defaultPackages") was not found 
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so':
  /usr/local/MATLAB/R2012a/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4' not found (required by /usr/lib/liblapack.so.3gf)
Error: package or namespace load failed for ‘R.matlab’
Execution halted

ans =

     1

发布：Ubuntu 12.04.3

R信息：平台x86_64-pc-linux-gnu
拱x86_64
os linux-gnu
system x86_64，linux-gnu
状态
专业3 小0.2 2013年月09日第25天 svn rev 63987
语言R
version.string R版本3.0.2（2013-09-25）昵称飞盘航行

非常感谢，加里

Answer 1

一种解决方案是更改要使用的libgfortran。

打开终端并cd到“local_MATLAB”/ sys / os /“your_os”/
检查libgfortran.so.3是否是指向ligfortran.so.3.0.0的符号链接并将其删除
否则请复制libgfortran.so.3以备不时出现问题
找到你自己的libgfortran并使符号链接指向它

在我的系统上，这看起来像是：

cd /usr/local/MATLAB/R2012a/sys/os/glnxa64/
rm libgfortran.so.3
ln -s -T /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0 libgfortran.so.3

如果您使用的是UNIX，则应该已经安装了libgfortran，您可以使用以下命令找到它：

locate libgfortran

请记住重新启动MATLAB以应用更改

Answer 2

我假设您可以成功地从终端运行Rscript。如果是这样的话，那么解决方案你的问题是你想在matlab中使用setenv而不是！export。您可能想看看这个问题：Start application from Matlab

在Ubuntu上从matlab调用外部脚本失败

2 个答案: