Question

如果我创建以下对齐 Numpy数组

import numpy as np
import tables as pt
numrows = 10
dt = np.dtype([('date', [('year', '<i4'), ('month', '<i4'), ('day', '<i4')]), 
               ('apples', '<f8'), 
               ('oranges', '|S7'),
               ('pears', '<i4')], align=True) 
x = np.zeros(numrows, dtype=dt)
for d in x.dtype.descr:
    print d

并打印dtype.descr我得到以下内容：

('date', [('year', '<i4'), ('month', '<i4'), ('day', '<i4')])
('', '|V4')
('apples', '<f8')
('oranges', '|S7')
('', '|V1')
('pears', '<i4')

dtype包括这些额外的空格'| V4'，'| V1'

现在，当我使用相同的dtype（Numpy风格）创建Pytable-＆gt;表时，似乎我失去了对齐。

h5file = pt.open_file('mytable.h5', mode='w')
table = h5file.create_table('/', 'mytable', dt, filters=None, expectedrows=numrows, byteorder='little')
policy = table.row

for j in xrange(numrows):
    for field in table.colnames:
        if (field == 'date'):
            policy[field] = (2014, 1, 8)
        else:
            policy[field] = 0
    policy.append() 

table.flush()
mytable = h5file.root.mytable[:]
h5file.close()
for d in mytable.dtype.descr:
    print d

其输出为：

('date', [('year', '<i4'), ('month', '<i4'), ('day', '<i4')])
('apples', '<f8')
('oranges', '|S7')
('pears', '<i4')

不再有'| V'空格

如何构造Pytable-＆gt;表格以保持对齐（保留'| V'空格）？

Answer 1

默认情况下，PyTables不支持列的numpy void数据类型 - 请参阅tables.descr_from_dtype()的源代码。但是，您可以通过用uint8s替换空洞来欺骗PyTables。这看起来像是：

dt = ...
expanded_dt = np.dtype(dt.descr)
newdt = []
for name, col in zip(expanded_dt.names, expanded_dt):
    if np.issubdtype(col, np.void):
        newdt.append([name, np.uint8(col.itemsize)])
    else:
        newdt.append([name, col])


newdt = np.dtype(newdt)

这将放入具有正确宽度的假列。

Pytables表dtype对齐

1 个答案: