Question

我是Python的新手，在将我在R中编写的模型转换为Python语言时遇到了麻烦。如果有人对资源或代码示例有任何建议，可能会有所帮助，我会非常感激。我已经在帮助文件等中看到了一些代码和文本片段，但没有一个对Python的新手有足够的注释或具体说明。以下模型是以Royle（2004）为模型的N-混合物丰度模型：用于根据空间复制计数估算种群大小的N-混合模型。基本上它描述了泊松/二项式混合模型，其中，其中Z_i是湿地水平丰度并且被视为具有泊松分布的随机变量。在站点i和访问j期间观察到的丰富的育雏（yij）然后遵循具有索引参数Z_i和成功参数p_ij的二项分布。丰度〖（λ〗_i）通过对数链接建模作为协变量的函数，并且检测概率通过作为b协变量的函数的对数链接建模。

model {

## Priors

a0 ~ dunif(-5, 5)
a1~ dunif(-5, 5)
a2 ~ dunif(-5, 5)
a3~ dunif(-5, 5)
b0 ~ dunif(-5, 5)
b1~ dunif(-5, 5)
b2~ dunif(-5, 5)

## Model

# State process
for(i in 1:5175) {
logit(psi[i]) <- min(max(a0 + a1*wetarea[i] + 
    a2*percentcover[i] + 
    a3*(year[i]), -99), 99)

Z[i] ~ dbern(psi[i])

# Detection process
for(j in 1:3) {
    logit(p[i, j]) <- b0 + b1*emergentcover[i, j] + 
        b2*time[i]
    y[i, j] ~ dbin(p[i, j], Z[i])
    }
}


## Derived parameters   
Zsum <- sum(Z[])    # Number of sites occupied
PAO <- Zsum / 100   # Proportion of sites occupied (aka PAO)

}

提前感谢您的任何帮助/建议

Answer 1

PyMC wiki有几个例子，包括占用率和混合模型。我会看那些;你的模型看起来非常简单。

Python中的N-mixture模型

1 个答案: