Question

我在我的主文件夹下安装了R，并且我希望在向集群提交作业时调用新的R.群集节点都安装了CentOS。

这是我在.bash_profile和.bashrc中的配置：

if [ `lsb_release -i|cut -c17-20` == 'Cent' ] ; then
    alias R='/home/XXX/R-3.0.2/bin/R'
    alias Rscript='/home/XXX/R-3.0.2/bin/Rscript'
fi

我在.bash_profile中添加了以下内容：

if [ -f ~/.bashrc ]; then
    source ~/.bashrc
fi

我还将此添加到提交的脚本中。

source $HOME/.bash_profile

我尝试使用qsub -I，它完美无缺。

但是，在我提交作业后，which R仍显示原始路径！

如何正确设置环境？

Answer 1

别名不会影响which命令，例如：

$ which R
/usr/bin/R
$ alias R=/bin/date
$ R
Sun Jan  5 13:40:54 CET 2014      # as you see the alias works
$ which R                         # `which R` still returns the original path
/usr/bin/R

我认为您不想使用别名，而是希望将/home/XXX/R-3.0.2/bin添加到PATH：

PATH="/home/XXX/R-3.0.2/bin:$PATH"

在此之后，如果R中存在Rscript和/home/XXX/R-3.0.2/bin，则：

which R应该返回/home/XXX/R-3.0.2/bin/R
which Rscript应该返回/home/XXX/R-3.0.2/bin/Rscript

首先在/home/XXX/R-3.0.2/bin中找到它们，然后在其他$PATH中的任何其他目录之前找到它们。

别名在qsub之后不起作用

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