Question

我是Networkx的新手。我有一个包含以下格式的节点位置的文件

0 : 23.23 12.23

其中0是节点，23.23和12.23分别是X和Y坐标。有没有人知道如何阅读具有pos属性的节点，使用read_edgelist(...)之类的函数或类似的解决方法？

由于

Answer 1

使用read_edgelist，您假设您已经存在边缘列表。但是，您提供的是节点+属性。

由于您开始使用具有文件格式的文件（在您的评论中说明），因此第一个挑战是将其转换为易于解析的格式。出于这个原因，我建议使用CSV文件格式。要对您的文件执行此操作，我会将终端（Linux和Mac）cd启动到包含您文件的目录中，然后运行以下两个命令：

sed -n 's/ : /,/gpw nodes_replaced1.txt' nodes.txt

这会读取nodes.txt（或您的文件），将所有:（包括空格）替换为,，并将其保存为nodes_replaced1.txt。您可以随意更改文件名。

完成后，在终端

中运行以下命令

sed -n 's/ /,/gwp nodes.csv' nodes_replaced1.txt

这将做类似的事情，除了在nodes_replaced1.txt中读取，用[spaces]替换,，并将其写为CSV文件。

获得CSV文件后，我建议您使用Pandas打开CSV文件，然后执行以下操作将节点添加到图表中：

In [1]: import pandas as pd

In [2]: import networkx as nx

In [5]: nodes = pd.read_csv('nodes.csv', header=None)

In [6]: nodes
Out[6]: 
   0      1      2
0  0  52.88  52.53
1  1  56.63  49.53
2  2  38.60  69.81
3  3  43.00   2.88

In [7]: G = nx.Graph()

In [8]: G
Out[8]: <networkx.classes.graph.Graph at 0x105e94cd0>

In [9]: for row in nodes.iterrows():
   ...:     G.add_node(row[1][0], x=row[1][1], y=row[1][2])
   ...: 

In [10]: G.nodes(data=True)
Out[10]: 
[(0.0, {'x': 52.880000000000003, 'y': 52.530000000000001}),
 (1.0, {'x': 56.630000000000003, 'y': 49.530000000000001}),
 (2.0, {'x': 38.600000000000001, 'y': 69.810000000000002}),
 (3.0, {'x': 43.0, 'y': 2.8799999999999999})]

您会注意到，当我仅拨打G.nodes()时，没有x＆amp; y位置数据。但是，当我拨打G.nodes(data=True)时，会合并x和y位置数据。

有关如何创建图表以及如何输入与任何节点，边缘或图表相关联的“属性”的详细信息，请参阅此页面：http://networkx.github.io/documentation/latest/tutorial/tutorial.html#nodes

最后，如果@Aric出现回答这个问题，请纠正我，如果我错了！

从networkx中的文件读取具有pos属性的节点

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