在删除InnoDB表上的记录时避免新写入时的锁定错误

Question

我有一个（java）应用程序，它在启动时运行数据库清除查询。根据用户的不同，这些查询最终可能会删除数十万条记录。我已经分解了查询，因此它们被限制为5000条记录，每次查询之间都有一些喘息空间。

该表使用InnoDB。

示例查询：

DELETE FROM table WHERE epoch <= '1388094517' LIMIT 5000;

但是，某些用户看到了锁定问题的各种错误：

java.sql.SQLException: The total number of locks exceeds the lock table size
java.sql.BatchUpdateException: Lock wait timeout exceeded; try restarting transaction

建议使用mysql配置更改是不可能的，因为这是一个分布式应用程序。我可以采取哪些步骤来确保删除查询不会导致锁定错误？

应用程序在启动时开始记录数据，并且需要能够在当前删除查询运行时写入数据库。