Question

编织我的.Rmd文件窒息并给我一个错误。我的.Rprofile中有一些我需要经常启动的东西，而第一个似乎导致问题的是将常用变量转换为类型的那个。这是完整的错误消息：

e $ e_pop_num＆lt; - as.numeric（e $ e_pop_num）中的错误：         无法在基本命名空间中执行复杂的分配       执行暂停

knitr终止，状态为1

如果我在.Rprofile中注释掉所有这些操作或将它们包装成一个函数（我也无法工作），那么编织工作正常。

我并不假装完全理解名称空间或环境，但我知道这就是问题所在。所以：

我将此代码移出.Rprofile。在这种情况下，我的问题是，在哪里放置这种“每次使用”代码的最佳位置？或者
如何配置Rstudio或我的.Rmd脚本，以便它可以评估我的.Rprofile而不会卡住？

会话信息： R版本2.15.3（2013-03-01）平台：i386-w64-mingw32 / i386（32位）

Rstudio版本0.98.490

这是我的.Rprofile的内容被简化以使其可重现。

e <- data.frame(x=1:5, e_pop_num=6:10)

# set e_pop_num to numeric to avoid integer overflow error
e$e_pop_num <- as.numeric(e$e_pop_num)

Answer 1

将您的作业包装在if块中。

if(interactive()){
   #assignments
}

从简单阅读？如果您不在交互式会话中，则启动。在基础环境中执行RProfile，而在交互式会话中则分配到用户全局环境。 Knitr在使用RStudio时会在运行时启动一个新的非交互式R进程，这就是为什么你得到我怀疑的错误。

Answer 2

我自己也遇到了类似的问题。但是，我只遇到Rprofile.site而不是.Rprofile的问题。

我找到了一种解决方法，方法是创建一个隐藏环境，使用local向其分配对象，然后将其附加。

# Create hidden environment
.env = new.env()

# Assign object in hidden environment
local({
  e <- data.frame(x = 1:5, e_pop_num = 6:10)
  e$e_pop_num <- as.numeric(e$e_pop_num)
}, envir = .env)

# Attach hidden environment
attach(.env)

作为.Rprofile而不是Rprofile.site，以下对我也有效：

# Create hidden environment
.env = new.env()

# Assign object in hidden environment
.env$e <- data.frame(x = 1:5, e_pop_num = 6:10)
.env$e$e_pop_num <- as.numeric(.env$e$e_pop_num)

# Attach hidden environment
attach(.env)

在尝试编织时出现错误“无法在基本命名空间中执行复杂的分配”

2 个答案: