Question

我的数据看起来像this：

Probes  Gene.symbol some.kk.06  some.sp.06  some.ln.06  some.kk.06  some.sp.06
1419083_at  Tnfsf11 0   1.273   0.976   0   0.964
1419318_at  Saa4    1.134   0   0   1.916   0
1442255_at  --- 0   1.104   1.417   0   0.761
1421025_at  Agpat1  0   1.058   0.976   0   1.02
1427071_at  Fbxo42  1.094   1.012   1.137   1.589   1.308

我想要做的是使用以下代码绘制树形图：

#!/u21/neversaint/.r/bin/Rscript
library(gplots);


plot.hclust  <- function(inputfile,clust.height) {


    dat.some <- read.table(inputfile,na.strings=NA, sep="\t",header=TRUE);
    print(head(dat.some))


    rownames(dat.some) <- do.call(paste,c(dat.some[c("Probes","Gene.symbol")],sep=" "))
    dat.some <- dat.some[,!names(dat.some) %in% c("Probes","Gene.symbol")]
    dat.some <- dat.some

    # Clustering and distance function
    hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
    distfunc <- function(x) dist(x,method="maximum")


    # Select based on FC, as long as any of them >= anylim
    dat.some <- dat.some[ apply(dat.some, 1,function(x) any (x >= anylim)), ]
    nrow(dat.some);


    # Clustering functions
    height <- clust.height; 

    # Define output file name
    dendoout <- paste("some.pafc.dendo.",anylim,".h",height,".default.pdf",sep="");

    # Compute distance and clusteirn function
    d.some <- distfunc(dat.some)
    fit.some <- hclustfunc(d.some)
    str(fit.some)

    # Plot the hierarchical dendogram without heatmap
    pdf(file=dendoout,width=120,height=27);
    plot(fit.some)
    dev.off()
}

plot.hclust("http://pastebin.com/raw.php?i=i8XXxUu0",clust.height=3);

但它打印出这个错误：

Error in read.table(inputfile, na.strings = NA, sep = "\t", header = TRUE) : 
  'file' must be a character string or connection

我该如何解决？

Answer 1

您通过命名函数hclust来覆盖绘制plot.hclust对象的通用方法，这样当您在函数的倒数第二行调用plot(fit.some)时，您实际上是从内部递归调用函数，但使用fit.some作为输入文件而不是url或文件名。

将您的函数命名为plot.hclust之外的其他内容应解决您遇到的问题，因为plot(fit.some)应具有预期的行为。

为什么read.table在函数内执行时会出现连接错误

1 个答案: