我想使用从另一个函数(下面的cd
参数)创建的对象在多时隙中绘制协方差/相关矩阵的一些热图。协方差矩阵存储在3维数组中,因此cd$covmat[,,i]
调用第i个协方差矩阵。
最初我遇到了一些与复制相同情节有关的问题。但是,我发现我遇到了环境问题。我已尝试解决这几种方法,下面的代码是最新的,但我无法弄清楚为什么它没有正确阅读。
这有什么特别的原因吗?我已经尝试包含和排除环境参数(我希望不需要),我已经尝试直接使用cd$covmat[,,i]
aes()
参数。
drawCovs<-function(cd,ncols){
require(ggplot2)
coords=expand.grid(x=1:cd$q,y=1:cd$q)
climits = c(-1,1)*max(cd$covmat)
cd$levels=c(cd$levels,"Total")
covtext=ifelse(!(cd$use.cor),'Covariance','Correlation')
plots=list()
cmat=list()
for (i in 1:(nlevels+1)){
cmat[[i]]<-cd$covmat[,,i]
.e<-environment
plots[[i]]<-ggplot(environment=.e)+geom_tile(aes(x=coords$x,y=coords$y,
fill=as.numeric(cmat[[i]]),color='white'))+
scale_fill_gradient(covtext,low='darkblue',high='red',limits=climits)+ylab('')
+xlab('')+guides(color='none')+scale_x_discrete(labels=cd$varnames,
limits=1:cd$q, expand=c(0,0))+scale_y_discrete(labels=cd$varnames,
limits=1:cd$q, expand=c(0,0))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 90,
hjust = 1))+labs(title=paste0(covtext,"s of data, ",cd$levels[i]))
}
multiplot(plotlist=plots,cols=ncols)
}
答案 0 :(得分:6)
如果您最终尝试通过直接调用环境来修复问题,则可能会使代码过于复杂。这是一个简单的代码片段,可以作为您的函数的核心:
drawCovs <- function(cd, ncols) {
require(ggplot2)
require(reshape2)
plots=list()
cmat=list()
for (i in 1:(length(cd$covmat))) {
cmat[[i]] <- cd$covmat[[i]]
plots[[i]] <- ggplot(melt(cmat), aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) +
geom_tile(color='white')
}
multiplot(plotlist=plots,cols=ncols)
}
cd <- list()
cd$covmat <- list(matrix(runif(25), 5), matrix(runif(25), 5))
drawCovs(cd, 1)