Question

我有一个列表Frequencies，其中包含每个值的名称数据。名称是基因座名称（小数点前）和等位基因数字（小数点后面）的组合。我正在尝试进行一系列的计算，如下所示：

expD12 <- (1-((Freqs[["D12S391.14"]])^2+(Freqs[["D12S391.15"]])^2+ (Freqs[["D12S391.16"]])^2+
(Freqs[["D12S391.17"]])^2+(Freqs[["D12S391.17.1"]])^2+(Freqs[["D12S391.17.3"]])^2+
(Freqs[["D12S391.18"]])^2+(Freqs[["D12S391.18.1"]])^2+(Freqs[["D12S391.18.3"]])^2+
(Freqs[["D12S391.19"]])^2+(Freqs[["D12S391.19.1"]])^2+(Freqs[["D12S391.19.3"]])^2+
(Freqs[["D12S391.20"]])^2+(Freqs[["D12S391.20.1"]])^2+(Freqs[["D12S391.20.3"]])^2+
(Freqs[["D12S391.21"]])^2+(Freqs[["D12S391.22"]])^2+(Freqs[["D12S391.22.2"]])^2+
(Freqs[["D12S391.23"]])^2+(Freqs[["D12S391.24"]])^2+(Freqs[["D12S391.24.3"]])^2))

虽然这段代码完成了我需要它做的事情，但有没有一种更简洁的方法来执行此操作，可能涉及for循环并按名称调用每个值，直到它达到小数点前的名称，这是不同的？我问这个是因为我必须为多个数据集的多个基因座执行相同的计算。非常感谢！

Answer 1

您可以尝试：

locus_name <- "D12S391"
1 - sum(unlist(Freqs[grepl(locus_name, names(Freqs))])^2)

此计算将包括某个locus_name的所有等位基因。

Answer 2

如果你包含一个可重复的例子会更好;这是一个镜头：

Freqs = list(D12S391.14=.1, D12S391.15=.2, D12S392.14=.3, D12S392.15=.4)

您可以使用以下内容获取所有基因座名称：

locuses = unique(unlist(lapply(strsplit(names(Freqs), ".", fixed=TRUE),
                               function(x) x[1])))

然后你可以使用像Sven列出的函数来计算你想要的每个基因座名称的值：

sapply(locuses, function(x) 1 - sum(unlist(Freqs[grepl(x, names(Freqs))])^2))
# D12S391 D12S392 
#    0.95    0.75

按名称自动调用值

2 个答案: