Question

由于我使用的集群中的资源限制，我通过在bash中使用for循环提交了一堆作业。我想在下一个命令之前等待pbs中的所有作业完成。这里的链接似乎解决了我的问题Wait for set of qsub jobs to complete 但是如果我没有下一个工作脚本来运行但是一些简单的bash命令

我仍然很困惑我应该放在-cwd之后

这是for循环提交pbs任务

for i in `seq 1 10`; do
if [ "$i"==10 ]; then
    EndLine=$((SeqNum*2))
fi
EndLine=$((StartLine-1+(EachFile+1)*2));
NewFile='StHeBC2-'$i'.fasta'
sed -n "$StartLine,$EndLine p" StHeBC2.fasta > $NewFile
StartLine=$((EndLine+1))
JobFile='StHeBC2-'$i'.sh'

    echo "
    #!/bin/bash
    #PBS -l ncpus=8
    #PBS -l mem=8GB
    #PBS -l nodes=4
    #PBS -l walltime=120:00:00
    #PBS -m bea
    #PBS -W umask=33

    cd $PBS_O_WORKDIR
    TransDecoder -t $NewFile -m 15 --search_pfam Pfam-A.hmm --API --CPU 8
    " > $JobFile

    qsub $JobFile
done

我想在pbs中完成所有JobFiles之后使用一些基本的命令cat / cut等来总结TransDecoder的输出，比如

cat test-*.fasta.transdecoder.pep > test.fasta.transdecoder.pep

任何人都可以提供帮助？谢谢

等待下一个命令之前完成qsub作业集

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