某些R包不会使用update.packages（）进行更新

Question

选择Packages->Update packages...给出：

> update.packages(ask='graphics',checkBuilt=TRUE)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Warning: package 'foreign' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'lattice' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'Matrix' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'mgcv' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'nlme' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'rpart' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated

我在“管理员”的启动菜单中运行了R快捷方式并得到了相同的结果。

R版本是3.0.2。

Answer 1

问题的一般重述

1. 在Windows 7/8中，基本安装中包含的程序包nicePack已过时。
2. 您可以使用update.packages()或通过等效的GUI菜单进行更新。
3. 你得到：
   Warning: package 'nicePack' in library 'C:/Program Files/R/R-3.*.*/library" will not be updated

潜在原因

R不是非常种与Windows，所以它只是说“将不会更新”，而不是“拒绝C：/ Program Files / R / ...”的权限。无论如何你意识到R无法写入C:/Program Files并因此以管理员身份重新启动并升级，但问题仍然存在！

如果您检查R能够写入的个人包目录，您会看到nicePack的更新版本在那里。在Windows中，目录通常为~\R\win-library\x.y或使用Sys.getenv("R_LIBS_USER")查找。

可能第一次R无法写入R默认目录时，使用了个人目录，因此有两个版本的nicePack。第二次，尽管有管理员权限，R在个人目录中找到更新的包版本，但它不更新默认目录。

可能是R表示“警告”而不是“错误”，因为 软件包已安装在个人目录中，但过时的版本仍保留在默认库中。

解决方案

删除个人库目录中的nicePack软件包目录，以管理员身份重新启动并再次更新。

评论

我不知道这种行为是否存在实际错误，无论如何，更多信息性消息肯定会帮助Windows用户。

也许在Windows中应该避免使用默认库，而不是个人版。许多Windows应用程序使用C:\ProgramData或~\AppData\Local，无需特殊权限即可写入。

Answer 2

我在Ubuntu上，我从RStudio遇到同样的问题。我试图通过sudo R和update.packages()来解决。但它没有帮助。 但是sudo rstudio + update.packages()解决了这个问题。

Answer 3

在 R 4.0.4 上 （镓操作系统 3.1）

权限？ old.packages() ?

就我而言，我注意到 3 个不会更新的软件包的权限设置与 /usr/local/lib/R/library 中的其他软件包不同。

我修复了权限，但这并没有解决问题。

然后我运行 old.packages() 并注意到 SAME 3 个软件包被认为是 old。

我承认我不太明白 ?update.packages() 中的帮助，但尝试了以下。

update.packages(oldPkgs = old.packages())

这解决了问题并更新了 3 个包。

Answer 4

我在Windows上，但通过SSH隧道使用R Studio Server（AW​​S / Ubunutu Linux）。我认为有时候R Studio会增加一层难度，而不是让事情变得更容易，这种情况会发生在多个UNIX用户之间的包依赖性

所以，添加这种可能会影响寻找上述问题的人＆gt;＆gt;＆gt;

的情况

您可以在用户上拥有软件包版本

上的其他版本

您需要SUDO R和安装。{1}}（与Windows上的R.exe相同）安装.update（）与root用户。

然后，当您访问RStudio Server时，您会看到系统库包已更新

总之，即使您在服务器上只使用一个高权限的unix用户，库也会有两个不同的位置：

ubuntu的（用户）：/usr/local/lib/R/

系统范围：/usr/lib/R/library

Answer 5

在我的情况下，在Ubuntu终端中执行以下命令序列：

sudo i-
R
update.packages(ask=FALSE)
q(save="no")
logout

这就是说：以root用户身份登录->启动R->从root用户更新程序包->从R中退出->从根用户退出。