在R中提取热图的特定成员

Question

我基于4500行x 400 col矩阵生成了热图m：

hm<-heatmap(m, na.rm=TRUE, col=bluered(256))

那么如何查看特定群集的成员？我读了一下，知道我必须使用'cutree（）'，但我仍然不确定如何正确实现它。

感谢。

Answer 1

hm<-heatmap.2(m, na.rm=TRUE)
clstrs <- cutree(as.hclust(hm$rowDendrogram), 1:dim(m)[1])

根据您想要的群集数量，您可以选择正确的列。因此，如果你想要7个集群：

clstrs[, 7]

将告诉您每个元素属于哪个群集。