重新排列热图中的列，保留拓扑

Question

我在R

中生成了以下热图

使用以下代码。

heatmap(data.matrix(data), col=colorRampPalette(c("yellow", "blue"))(64), labRow=NA, Rowv=NA)

我想用不同的列排序绘制热图。这个列顺序保持了树形图的拓扑结构，所以我想继续绘制树形图。 heatmap函数的R帮助提到行和列重新排序，我尝试将所需的列顺序作为heatmap的{​​{1}}参数的向量提供，但这不起作用。有什么建议吗？

Answer 1

Colv的参数需要传递给reorder.dendrogram函数。它不会产生任意排序，但会通过列树形图结构施加约束。这应该产生不同的顺序。

nc <- dim(data.matrix(data)}[2]
heatmap(data.matrix(data), Colv = sample(1:nc),
        col=colorRampPalette(c("yellow", "blue"))(64), 
        labRow=NA, Rowv=NA)