Question

我一直在研究一个我希望交给同事的R项目（projectA），在脚本中处理工作区引用的最佳方法是什么？为了说明，假设projectA由几个R脚本组成，每个脚本读取输入并将输出写入某些目录（dirs）。所有目录都包含在我当地的保管箱内。脚本的I / O部分如下所示：

# Script 1. 
# Give input and output names and dirs:
dat1Dir       <- "D:/Dropbox/ProjectA/source1/"
dat1In        <- "foo1.asc"
dat2Dir       <- "D:/Dropbox/ProjectA/source2/"
dat2In        <- "foo2.asc"
outDir        <- "D:/Dropbox/ProjectA/output1/"
outName       <- "fooOut1.asc"
# Read data 
setwd(dat1Dir)
dat1          <- read.table(dat1In)
setwd(dat2Dir)
dat2          <- read.table(dat2In)
# do stuff with dat1 and dat2 that result in new data foo
# Write new data foo to file
setwd(outDir)
write.table(foo, outName)

# Script 2. 
# Give input and output names and dirs
dat1Dir       <- "D:/Dropbox/ProjectA/output1/"
dat1In        <- "fooOut1.asc"
outDir        <- "D:/Dropbox/ProjectA/output2/"
outName       <- "fooOut2.asc"

等。每个脚本从/向文件读取和写入数据，后续脚本读取先前脚本的输出。问题是：如何确保目录字符串在转移给其他用户后仍然有效？

假设我们将ProjectA文件夹（包括子文件夹）复制到另一台PC，并将其存储在例如C：/ Users / foo / my documents /中。理想情况下，我会有一个函数FindDir()找到项目中最低公用文件夹的位置，这里是“ProjectA”，这样我就可以用以下内容替换每个目录字符串：

dat1Dir       <- paste(FindDir(), "ProjectA/source1", sep= "")

那样：

# At my own PC
dat1Dir       <- paste(FindDir(), "ProjectA/source1", sep= "")
> "D:/Dropbox/ProjectA/source1/"

# At my colleagues PC
dat1Dir       <- paste(FindDir(), "ProjectA/source1", sep= "")
> "C:Users/foo/my documents/ProjectA/source1/"

或者也许有不同的方式？我们的工作IT基础架构目前不允许使用共享光盘。我将帮助函数放在'官方'R项目中（即托管在R forge上），但是我想在需要许多I / O参数时使用脚本，因为代码可以很容易地被查看并评论道。

非常感谢提前！

Answer 1

您应该可以使用相对目录路径来执行此操作。这就是我为Dropbox中的R项目所做的工作，我在我的Windows和OS X机器上编辑/运行Dropbox文件夹分别为D:/Dropbox和/Users/robin/Dropbox。

要做到这一点，你需要

使用setwd('/Users/robin/Dropbox;)（请参阅full docs for that command）在R中设置当前工作目录（在脚本的第一行，或在运行前以交互方式在控制台上设置）。
将路径更改为相对路径，这意味着它们只有当前目录中的路径位，在这种情况下，如果您设置了'ProjectA/source1'位您当前目录到Dropbox文件夹，或者只是'source1'如果您已将当前目录设置为ProjectA文件夹（这是一个更好的主意）。

然后一切都应该有用！

你可能也对我称之为ProjectTemplate的R库感兴趣 - 它为你提供了非常好的功能，可以在R中为这种工作制作自包含项目，并且它们完全可重复，可移动计算机之间等等。我写了introductory blog post这可能很有用。

项目转移后保留有效的工作区参考。

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