cuda：在稀疏矩阵中获得非零元素的任何有效方法

Question

我有一个很大的2D直方图，其中大部分元素为零。我想把非零和它们的位置放到2个数组（或向量）。有没有有效的方法来做到这一点？

我希望明确说明我的问题。这是一些细节。

1）我有一个1024 * 1024的直方图，并由atomicAdd（）填充。 2）对于直方图中的每个元素，如果它不是局部峰值，则将其内容设置为0.（通常我有<50个峰值）这样，我的直方图变成了一个大的稀疏矩阵。 3）我的问题是：我想将所有非零元素及其位置放到2个数组中。我不知道如何有效地做到这一点。

希望你的建议，谢谢你。

Answer 1

推力histogram example应该会给你一些想法。

术语可能令人困惑：所描述的“密集直方图”包含所有区间，无论是否为零（相当于稀疏矩阵）。 “稀疏直方图”仅包含非零容器，相当于您想要的结果。

该示例实际上生成直方图 - 密集或稀疏。因此，您可能希望直接使用该方法，而不是使用任何方法进行直方图编码（AtomicAdd，虽然功能正常，但可能会更慢。）

或者如果您愿意，该代码中的注释会说明如何将“密集”转换为“稀疏”，反之亦然。为了创建稀疏直方图（这是你想要的），建议使用推力copy_if。

既然你想要直方图bin和它的索引，你可以做类似以下的事情：

1. 创建一个矢量，只要您的直方图矢量，并对其进行排序（thrust::sequence）以创建索引。
2. 创建一个zip迭代器，将每个直方图bin和相应的索引组合成一个元组。
3. 使用copy_if选择bin值为非零的元组。