如何将一个变量与R上的所有其他变量相关联

Question

我想将一个变量（比如酪氨酸）与R上的所有其他变量（大约200种其他代谢物，如尿素，葡萄糖，肌苷等）联系起来，我不知道该怎么做。我是R.的新手。

我已经学会了配对功能，但它将指定范围内的每种代谢物配对到另一种。

谢谢！

Answer 1

既然你提到了代谢产物＆＃34;，我认为你的指标是＆＃34;浓度＆＃34;，例如你有一个矩阵，称之为data，每个代谢物都有一列，每个样本都有一行。

所以，像这样：

# just generates example - YOU SHOULD PROVIDE THIS!!!
data <- data.frame(tyrosine=1:10 + rnorm(10,sd=2), 
                   urea    =2*1:10 + rnorm(10,sd=2),
                   glucose =30 -2*1:10 +rnorm(10,sd=2),
                   inosine =25 -1:10 + rnorm(10,sd=2))
data
     tyrosine      urea  glucose  inosine
1  -0.2529076  5.023562 29.83795 26.71736
2   2.3672866  4.779686 27.56427 22.79442
3   1.3287428  4.757519 24.14913 22.77534
4   7.1905616  3.570600 18.02130 20.89239
5   5.6590155 12.249862 21.23965 17.24588
6   4.3590632 11.910133 17.88774 18.17001
7   7.9748581 13.967619 15.68841 17.21142
8   9.4766494 17.887672 11.05850 16.88137
9  10.1515627 19.642442 11.04370 18.20005
10  9.3892232 21.187803 10.83588 16.52635

要获得相关系数，只需输入：

cor(data)
           tyrosine       urea    glucose    inosine
tyrosine  1.0000000  0.8087897 -0.9545523 -0.8512938
urea      0.8087897  1.0000000 -0.8577782 -0.8086910
glucose  -0.9545523 -0.8577782  1.0000000  0.8608000
inosine  -0.8512938 -0.8086910  0.8608000  1.0000000

要生成散点图矩阵，只需输入：

pairs(data)

将来，请提供可导入R 的数据示例。

Answer 2

在下面的示例中，我只是将包含所有变量的数据框拆分为两个矩阵。可以将这些输入到cor函数中以获取相关值：

set.seed(1)
n=20
df <- data.frame(tyrosine=runif(n), urea=runif(n), glucose=runif(n), inosine=runif(n))
df

COR <- cor(as.matrix(df[,1]), as.matrix(df[,-1]))
COR
#           urea    glucose    inosine
#[1,] -0.2373854 -0.3672984 -0.3393602

Answer 3

类似于使用apply和列名称的框中的Marc

> set.seed(1)
> n=20
> df <- data.frame(tyrosine=runif(n), urea=runif(n), glucose=runif(n), 
  inosine=runif(n))

> apply(df,2, function(col)cor(col, df$tyrosine))

tyrosine       urea    glucose    inosine 
1.0000000 -0.2373854 -0.3672984 -0.3393602 

对于合理大小的数据来说，这是一个很好的问题和模式，因为如果你只想要酪氨酸（OP特别要求）只计算酪氨酸（n时间+空间），而不是全部和所有数据，这是有效的（~n ^ 2时间+空格）。