Question

假设我创建了这个稀疏矩阵，其中非零元素由布尔值'true'组成：

s =稀疏（[3 2 3 3 3 3 2 34 3 6 3 2 3 3 3 3 2 3 3 6]，[10235 11470 21211 33322 49297 88361 91470 127422 152383 158751 166485 171471 181211 193321 205548 244609 251470 283673 312384 318752]，真实）;

包含20个元素。 Matlab应该分配不超过（4 + 4 + 1）* 20 = 180字节的内存（看起来索引长度为4个字节）。然而

谁的

说矩阵在内存中占用1275112字节，这是一个问题，因为我需要存储数千个这样的字节。

知道为什么会这样吗？

干杯！

Answer 1

MATLAB中稀疏矩阵的存储器存储格式是一个密集的列指针数组。每个列指针指向一个非零元素列表，每个元素都需要一个索引和一个值。所以公式是

(max column num) x P + (num nonzero) x (P + S)

其中P是指针大小（64位系统上为8个字节，32位系统上为4个字节），S是单个元素的大小。 1为逻辑。对于你的问题，我得到1275108，或“足够接近”。

那该怎么办呢？请注意大内存驱动程序：最大列数，因为列指针密集。在您的情况下，如果您反转索引顺序并存储矩阵的转置，它只需要236个字节（在32位系统上）。

Answer 2

我不知道为什么会这样，但我确实知道如何修复它。这里有一些代码揭示了稀疏矩阵线性地依赖于列数。

for k = 1:6
  n = 10^k; 
  a = sparse(n, 100); % keep number of columns constant
  tmp = whos('a'); 
  fprintf('%1.0f bytes used\n', tmp.bytes); 
end

产生

416 bytes used
416 bytes used
416 bytes used
416 bytes used
416 bytes used
416 bytes used

同时保持行数与a = sparse(n, 100);不变，而不是

     56 bytes used
    416 bytes used
   4016 bytes used
  40016 bytes used
 400016 bytes used
4000016 bytes used

通过交换s的前两个输入来优化您的代码更改34 x 318752从318752 x 34到sparse矩阵。

Matlab为稀疏矩阵分配比所需内存更多的内存

2 个答案: