Question

我正在使用'rPython'包在R中调用python但是我无法让R引用我的python的虚拟环境。

在R中，我尝试过使用

system('. /home/username/Documents/myenv/env/bin/activate')

但是在运行上面我的python库路径后没有改变（我通过python.exec(print sys.path)检查）。我跑的时候

python.exec('import nltk')

我被抛出错误：

python.exec中的错误（“import nltk”）：没有名为nltk的模块

虽然它存在于我的虚拟环境中。

我在Ubuntu 13.04上使用R 3.0.2，Python 2.7.4。

另外，我知道我可以使用

从R中更改python库路径

python.exec("sys.path='\your\path'")

但是我不想在安装新的python包时一遍又一遍地手动输入。

提前致谢！

Answer 1

在运行R之前使用“activate”bash脚本，以便R进程继承更改的环境变量。

$ source myvirtualenv/bin/activate

$ R

现在rPython应该能够使用你的virtualenv中的包。

适合我。如果你使用的virtualenv的Python版本与r进程中的一个rPython链接不同，可能会表现得很奇怪。

Answer 2

扩展@PaulHarrison的答案，您可以模仿.../activate在环境中的直接作用（在从R启动python之前）。

这是一种确定要修改哪些var的方法：

$ set > pyenv-pre
$ . /path/to/venv/activate
(venvname) $ set > pyenv-post
(venvname) $ diff -uw pyenv-pre pyenv-post

这给了我类似的东西

--- pyenv-pre 2018-12-02 15:16:43.093203865 -0800
+++ pyenv-post 2018-12-02 15:17:34.084999718 -0800
@@ -33,10 +33,10 @@
 OPTERR=1
 OPTIND=1
 OSTYPE=linux-gnu
-PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
+PATH=/path/to/venv/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
 PIPESTATUS=([0]="0")
 PPID=325990
-PS1='\[\e]0;\u@\h: \w\a\]${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
+PS1='(venvname) \[\e]0;\u@\h: \w\a\]${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
 PS2='> '
 PS4='+ '
 PWD=/
@@ -50,10 +50,13 @@
 TERM=xterm
 UID=3000019
 USER='helloworld'
+VIRTUAL_ENV=/path/to/venv
 XDG_DATA_DIRS=/usr/local/share:/usr/share:/var/lib/snapd/desktop
 XDG_RUNTIME_DIR=/run/user/3000019
 XDG_SESSION_ID=27577
-_=set
+_=/path/to/venv/bin/activate
+_OLD_VIRTUAL_PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
+_OLD_VIRTUAL_PS1='\[\e]0;\u@\h: \w\a\]${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
 __git_printf_supports_v=yes
 __grub_script_check_program=grub-script-check
 _backup_glob='@(#*#|*@(~|.@(bak|orig|rej|swp|dpkg*|rpm@(orig|new|save))))'
@@ -2390,6 +2393,31 @@
         fi;
     fi
 }
+deactivate () ... rest of this function snipped for brevity

因此看来，要更新的重要envvar是：

PATH：在venv bin目录之前添加到现有路径
VIRTUAL_ENV：设置为/path/to/venv

我相信其他更改（OLD_VIRTUAL_*和deactivate () ...）是可选的，并且实际上仅用于取消venv激活。

查看.../activate脚本可验证以下是大多数步骤。如果已设置，则未设置PYTHONHOME，如果您之前没有设置过，则可能不会显示在上面的差异中。

要对此进行调整：

Sys.setenv(
  PATH = paste("/path/to/venv/bin", Sys.getenv("PATH"), sep = .Platform$path.sep),
  VIRTUAL_ENV = "/path/to/venv"
)
Sys.unsetenv("PYTHONHOME") # works whether previously set or not

Answer 3

我很幸运使用以下方法来获取脚本以使用我的peynv安装：

#!/usr/bin/env python

所以也许尝试将R指向该路径（当然没有#!。）

Answer 4

使用bash -c进行管理：

system("/bin/bash -c \"source ./pydatatable/py-pydatatable/bin/activate && python -c 'import datatable as dt; print(dt.__version__)'\"")

在R中使用python虚拟环境

4 个答案: