如何将矩阵写入临时R对象而不是硬盘驱动器？

Question

我在R中编写了一个管道，它使用了Bioconductor中的一些需要从.FASTA文件中读取的软件包（基本上是一个自定义格式的.txt文件）。

现在我有一个矩阵，我使用以下函数写入.FASTA文件：

exportFASTA(matrix, file = "directory\\sample.fasta")

然后，我在文件位置运行算法：

algorithm(file = "directory\\sample.fasta")

我想优化我的代码，这样我就不必将文件写入硬盘。相反，我将.FASTA（即.txt文件）写入临时R对象，R将解释为硬盘驱动器上存在这样的文件。

Answer 1

有一个函数textConnection将处理字符流，就好像它是一个文件一样。回到R 2.12时代（在引入text =参数之前）需要使用它来提供read.table的示例：

  >  read.table( file=textConnection("a b c\nd e f"), header=FALSE)
  V1 V2 V3
1  a  b  c
2  d  e  f
> txt <- "a b c\nd e f"
> read.table( file=textConnection(txt), header=FALSE)
  V1 V2 V3
1  a  b  c
2  d  e  f