Question

我收到了一个.Rnw文件，在尝试构建它所属的软件包时会出错。问题是，当使用RStudio中的工具检查包时，我没有得到任何有用的错误信息。所以我需要首先弄清楚错误发生在哪个代码行上。

为了解决这个问题，我写了这个5分钟的黑客攻击，将所有代码块放在一个单独的文件中。我有这种感觉，虽然我错过了一些东西。像运行脚本文件一样，提取Rnw文件中所有代码的简洁方法是什么？是否有一个函数要么全部提取，要么以这种方式运行所有可以找出错误发生在哪一行？

我的黑客：

ExtractChunks <- function(file.in,file.out,...){
  isRnw <- grepl(".Rnw$",file.in)
  if(!isRnw) stop("file.in should be an Rnw file")

  thelines <- readLines(file.in)

  startid <- grep("^[^%].+>>=$",thelines)
  nocode <- grep("^<<",thelines[startid+1]) # when using labels.
  codestart <- startid[-nocode]

  out <- sapply(codestart,function(i){
    tmp <- thelines[-seq_len(i)]
    endid <- grep("^@",tmp)[1]  # take into account trailing spaces / comments
    c("# Chunk",tmp[seq_len(endid-1)])
  })

  writeLines(unlist(out),file.out)

}

Answer 1

对于 knitr 变体，这两个策略为Stangle（对于 Sweave 变体）和purl。我对.Rnw文件的印象是它们或多或少相同，但purl也适用于其他类型的文件。

一些简单的例子：

f <- 'somefile.Rnw'
knitr::purl(f)
Stangle(f)

无论哪种方式，您都可以使用source运行创建的代码文件。

注意：This post描述了针对有选择地purl块的knitr的块选项，这也可能有用。

如何从Rnw Sweave文件中提取所有代码块？

1 个答案: