从查找表更改字符串的脚本？

Question

我不是程序员而且我不知道我在做什么，所以这可能已经在很多时候得到了回答，但是我不知道找到答案的条款（或者下一步该做什么我找到了答案）...

我有一个文本文件，里面有一堆我要替换的字符串，还有一个excel文件，其中一列是要替换的字符串，一列是替换。

要替换的字符串看起来像这样（但命名不一致所以它不能只是一个减少，需要一个查找表）：

gi|5566332|gb|AF164131.1| Uroleptus pisces macronuclear small-subunit ribosomal RNA gene, complete sequence

使用以下内容替换它们的字符串：

AF164131

（1）我应该如何格式化查找表 - 类似于制表符分隔文件？

（2）如何编写脚本来进行替换？

这可能只是一些简单的BASH或sed脚本，但我还没有真正掌握如何编写它们......

Answer 1

您可以像这样使用awk：

awk '{sub(/AF164131/,"new txt")}1' file

Answer 2

将excel电子表格以制表符分隔的文本导出到文件名“map.txt”，然后执行以下操作：

awk '
NR==FNR { map[$1] = $2; next }
$0 in map { $0 = map[$0] }
{ print }
' map.txt textfile

假设textfile包含您要替换的字符串。如果这对您不起作用，请使用几行代表性输入和预期输出更新您的问题，因为您的文本文件格式不明确。