Question

我有一个问题，我的标题可能暗示但是给出这个例子可能会更容易。我正在研究Borcard等人给出的代码行。 2011年随鱼类分布。有一个地理坐标（x，y）的站点（spa）矩阵，这些站点的鱼类丰度矩阵（spe）和环境因子矩阵（env）。

根据网站表示鱼类分布的一种方法是使用以下代码：

windows(title="Species Locations", 9, 9)    
par(mfrow=c(2,2))               
plot(spa, asp=1, col="brown", cex=spe$TRU, main="Brown trout", 
xlab="x coordinate (km)", ylab="y coordinate (km)")
lines(spa, col="light blue")
plot(spa, asp=1, col="brown", cex=spe$OMB, main="Grayling", 
xlab="x coordinate (km)", ylab="y coordinate (km)")
lines(spa, col="light blue")

等...

然而，这绘制了OMB和TRU物种的2个不同图。如何获得相同的图表，但同一图表上的OMB和TRU物种，仍然使用cex但是为这两个物种获得不同颜色的圆圈？

这会有很多帮助！

先谢谢，

Answer 1

我想你想要（类似的东西）

plot(spa, asp = 1, type = "n", main = "Brown trout", 
     xlab = "x coordinate (km)", ylab = "y coordinate (km)")
lines(spa, col="light blue")
points(spa, col = "brown", cex = spe$TRU)
points(spa, col = "green", cex = spe$OMB)
legend("topright", legend = c("Brown Trout", "Grayling"),
       col = c("brown","green"), pch = 1, bty = "n")

这里的主要想法是只使用points()调用按顺序添加数据点，就像在绘制数据后使用lines()为每个绘图添加行一样（注意这里我将它们绘制出来）避免过度绘制数据的背景。）

然而，您想要做的事情有一个明确的问题;这两个points()调用基本上是在绘图上的相同位置绘制数据，因此您可能会遇到一组数据的问题，这些数据会超过其他物种的数据。

如果你想在同一个图上有很多物种（不只是两个）（多个情节就像他们的例子），那么我建议改用格子或 ggplot2 做绘图，但你需要先按一下数据。如果您想用获取Borcard 等的示例所需的代码来更新您的问题，那么我将使用这样的示例更新我的答案。我觉得这是显示这些数据的一种更好的方式，而不是在同一个房地产上覆盖两个或更多物种。

使用cex基于不同的矩阵在同一图表上绘制不同矩阵的两列

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