Question

我正在尝试使用snow包在R中对弹性网模型进行评分，但我无法弄清楚如何让预测函数在集群中的多个节点上运行。下面的代码包含时序基准和产生错误的实际代码：

##############
#Snow example#
##############

library(snow)
library(glmnet)
library(mlbench)

data(BostonHousing)
BostonHousing$chas<-as.numeric(BostonHousing$chas)

ind<-as.matrix(BostonHousing[,1:13],col.names=TRUE)
dep<-as.matrix(BostonHousing[,14],col.names=TRUE)

fit_lambda<-cv.glmnet(ind,dep)

#fit elastic net
fit_en<<-glmnet(ind,dep,family="gaussian",alpha=0.5,lambda=fit_lambda$lambda.min)

ind_exp<-rbind(ind,ind)

#single thread baseline
i<-0
while(i < 2000){
    ind_exp<-rbind(ind_exp,ind)
    i = i+1
    }

system.time(st<-predict(fit_en,ind_exp))

#formula for parallel execution
pred_en<-function(x){
    x<-as.matrix(x)
    return(predict(fit_en,x))
    }

#make the cluster
cl<-makeSOCKcluster(4)
clusterExport(cl,"fit_en")
clusterExport(cl,"pred_en")

#parallel baseline
system.time(mt<-parRapply(cl,ind_exp,pred_en))

我已经能够通过使用多核的Linux机箱上的分叉并行化，但我最终不得不使用性能相当差的mclapply结合unlist并且正在寻找一种更好的方法来实现雪（这将是偶然的工作在我的开发Windows PC和我的prod Linux服务器上）。谢谢你。

Answer 1

我首先应该说predict.glmnet函数似乎不够计算，不值得并行化。但这是一个有趣的例子，我的回答可能对你有所帮助，即使这个特殊情况不值得并行化。

主要问题是parRapply函数是apply周围的并行包装器，它反过来在子矩阵的行上调用函数，这不是你想要的。您希望直接在子矩阵上调用函数。 Snow不包含这样做的便利功能，但是写一个很容易：

rowchunkapply <- function(cl, x, fun, ...) {
    do.call('rbind', clusterApply(cl, splitRows(x, length(cl)), fun, ...))
}

您的示例中的另一个问题是您需要在worker上加载glmnet，以便调用正确的预测函数。您也不需要显式导出pred_en函数，因为这是为您处理的。

以下是我的示例版本：

library(snow)
library(glmnet)
library(mlbench)

data(BostonHousing)
BostonHousing$chas <- as.numeric(BostonHousing$chas)
ind <- as.matrix(BostonHousing[,1:13], col.names=TRUE)
dep <- as.matrix(BostonHousing[,14], col.names=TRUE)
fit_lambda <- cv.glmnet(ind, dep)
fit_en <- glmnet(ind, dep, family="gaussian", alpha=0.5,
                 lambda=fit_lambda$lambda.min)
ind_exp <- do.call("rbind", rep(list(ind), 2002))

# make and initialize the cluster
cl <- makeSOCKcluster(4)
clusterEvalQ(cl, library(glmnet))
clusterExport(cl, "fit_en")

# execute a function on row chunks of x and rbind the results
rowchunkapply <- function(cl, x, fun, ...) {
    do.call('rbind', clusterApply(cl, splitRows(x, length(cl)), fun, ...))
}

# worker function
pred_en <- function(x) {
    predict(fit_en, x)
}
mt <- rowchunkapply(cl, ind_exp, pred_en)

您可能还有兴趣使用cv.glmnet parallel选项，该选项使用foreach包。

并行模型评分R.

1 个答案: