Question

想要使用pytables在HDF5 db文件中访问/创建任意组。该文件具有以下结构：

db
  |_ user_00                  # Group
       |_  subjectTable   # TableObject  
       |_ subject_00       # GroupObject

Registring一个新主题意味着向subjectTable添加一行并创建一个具有主题名称的组所以我有：

    def open_db(db_file, mode='r+'):
        h5f = tables.openFile(db_file, mode)
        return h5f

    def register_new_subject(subjectName, user, db_file):
        # Open db
        h5f = open_db(db_file)

        #Create subject
        subjectGroup = h5f.createGroup(h5f.root.??????????, subjectName)

        # Add subjectName to user/subjectTable
        ...

正如您在问号中所看到的，我不知道如何继续......因为该组特定于我遇到的用户，新组应该是h5f.root。[user] .subjectName

有没有办法做到这一点？

还有更好的方法吗？

对于额外的点是否有一种pythonic方式这样做？

修改：这种方式有效，但我讨厌使用eval（）。

    row_str = 'h5f.root.{}'.format(user)
    where = eval(row_str)
    subjectGroup = h5f.createGroup(where, subjectName)

其他任何方式吗？

Answer 1

row_str = 'h5f.root.{}'.format(user)
    where = eval(row_str)
    subjectGroup = h5f.createGroup(where, subjectName)

Answer 2

这很简单，因为createGroup方法接受where参数的路径字符串，你可以完成你想要的：

subjectGroup = h5f.createGroup('/{}'.format(user), subjectName, createparents=True)

createGroup甚至有一个参数（如上所示），如果父节点不存在，则强制创建完整路径。

如果您需要检查父组是否存在，我可能会使用pytables文件对象getNode来评估特定节点的句柄

try:
    where = h5f.getNode('/{}'.format(user))
except:
    raise ValueError('User node does not exist in file') # or exception of your choosing

subjectGroup = h5f.createGroup(where, subjectName)

使用pytables访问hdf5文件中的任意组的方法是什么？

2 个答案: