如何设置使用knitr / pander生成的报告中的小数位数?

时间:2013-11-25 17:18:00

标签: r knitr pandoc pander

我知道这是一个相当古老的问题,之前已经讨论过,但我无法按预期工作。

我有一个markdown文档,我想使用knitrpander生成一个.docx报告,其中包含一致的数字格式,包含两位小数,例如0.12,3.60,14.00或163.21用于两个内联和块输出。我已经阅读了这个帖子How to avoid using round() in every \Sexpr{}?,其中建议pander可以自动执行此操作。但是,它似乎对我不起作用。请让我知道我在这里缺少什么。

剧本:

```{r, echo=FALSE}
library(knitr)
opts_chunk$set(echo = FALSE, message = FALSE, results = 'asis')
```

```{r}
require(pander)
panderOptions('digits' , 2) #this should do the trick, right?
```

Test
=====

Let's produce some test stats:


```{r}
model1 = lm(weight~feed, chickwts)
anova.m1 = anova(model1)
pander(anova.m1)
pander(coef(summary(model1)))
```

In-line R codes: "Type of food affects body mass of the chicks
(F~`r anova.m1$Df[1]`,`r anova.m1$Df[2]`~ = `r anova.m1$F[1]`, p =  `r anova.m1$Pr[1]`)." 


```{r}
FILE <- "Test"
system(paste0("pandoc -o ", FILE, ".docx ", FILE, ".md"))
```

但结果并不是我所期望的(注意小数范围几乎是0到7之间的所有内容):

enter image description here

2 个答案:

答案 0 :(得分:9)

你试过吗

 options(scipen=1, digits=2)

,如http://yihui.name/knitr/demo/output/

答案 1 :(得分:7)

怎么样:

> library(pander)
> panderOptions('digits', 2)
> panderOptions('round', 2)
> panderOptions('keep.trailing.zeros', TRUE)
> pander(anova.m1)

----------------------------------------------------------
    &nbsp;       Df   Sum Sq   Mean Sq   F value   Pr(>F) 
--------------- ---- -------- --------- --------- --------
   **feed**      5    231129    46226      15        0    

 **Residuals**   65   195556    3009                      
----------------------------------------------------------

Table: Analysis of Variance Table

> pander(coef(summary(model1)))

----------------------------------------------------------------
      &nbsp;         Estimate   Std. Error   t value   Pr(>|t|) 
------------------- ---------- ------------ --------- ----------
  **(Intercept)**     323.58      15.83       20.44      0.00   

 **feedhorsebean**   -163.38      23.49       -6.96      0.00   

  **feedlinseed**    -104.83      22.39       -4.68      0.00   

 **feedmeatmeal**     -46.67      22.90       -2.04      0.05   

  **feedsoybean**     -77.15      21.58       -3.58      0.00   

 **feedsunflower**     5.33       22.39       0.24       0.81   
----------------------------------------------------------------

关于内联R块:也可以在那里调用pander或者应用一些钩子来自动完成。


更新:设置小数位数后,无需在此处设置位数,sry:

> library(pander)
> panderOptions('round', 2)
> panderOptions('keep.trailing.zeros', TRUE)
> model1 = lm(weight~feed, chickwts)
> anova.m1 = anova(model1)
> pander(anova.m1)

----------------------------------------------------------
    &nbsp;       Df   Sum Sq   Mean Sq   F value   Pr(>F) 
--------------- ---- -------- --------- --------- --------
   **feed**      5    231129    46226     15.36      0    

 **Residuals**   65   195556    3009                      
----------------------------------------------------------

Table: Analysis of Variance Table

> pander(coef(summary(model1)))

----------------------------------------------------------------
      &nbsp;         Estimate   Std. Error   t value   Pr(>|t|) 
------------------- ---------- ------------ --------- ----------
  **(Intercept)**     323.58      15.83       20.44      0.00   

 **feedhorsebean**   -163.38      23.49       -6.96      0.00   

  **feedlinseed**    -104.83      22.39       -4.68      0.00   

 **feedmeatmeal**     -46.67      22.90       -2.04      0.05   

  **feedsoybean**     -77.15      21.58       -3.58      0.00   

 **feedsunflower**     5.33       22.39       0.24       0.81   
----------------------------------------------------------------

进一步更新以及为什么它在第一次运行的第二个表中使用set digits起作用:

> format(c(0.01, 15.36 ), digits = 2)
[1] " 0.01" "15.36"
> format(15.36, digits = 2)
[1] "15"

pandoc.table以列为基础运行format,以便列中的数字具有相同的小数位数(即使是将该选项设置为TRUE的尾随零)在用户请求上。

如果这看起来像一个错误,请在GitHub上打开一个问题:https://github.com/Rapporter/pander