浮雕针（）警告：“在ajSeqCvtKS中找不到序列字符”......？

Question

我正在使用EMBOSSwin的needle（）命令行函数执行成对全局对齐，但我遇到了一个奇怪的警告。

所以我有24对需要对齐的氨基酸序列，我使用“subprocess.call（）”从python运行needle（）命令 - 虽然这个过程发生（看似顺利）我得到以下警告：

Warning: Sequence character string not found in ajSeqCvtKS

EXTRA CLUES：

虽然这个奇怪的警告......你可以看到以.fasta格式的needle（）成功生成对齐...

... 但是 ...当我尝试将这些路线读回python时，我得到了无法理解的“AssertionErrors” - 使用biopython的AlignIO.read（）函数（请参阅：http://bit.ly/1aHK9w7我的问题与此 AssertionError 直接相关）...

*要明确：这些AlignIO（） AssertionErrors 可能与needle（）警告无关，但我将警告视为 prime在调查中领先 ......！