Question

我尝试这个命令：

Rscript "/Users/test/Scripts/arg_test.R" "path_in=/Users/test/GR/web-app/Rproject/Inputs/Rmerge/Description.csv" path_in2="/Users/test/IdeaProjects/Rproject/Inputs/Rmerge/Template_Auto.csv"

但我有这个错误：解析时出错（text = args [[i]]）：“path_in = /”中出现意外的'/'

Rscript的一部分：

args=(commandArgs(TRUE))

if(length(args)==0){
    print("No arguments supplied.")
}else{
    for(i in 1:length(args)){
         eval(parse(text=args[[i]]))
    }
}


path_out = "/Users/test/Rproject/Results/"

annotation = read.csv(paste(path_in, sep=""))

modules = read.csv(paste(path_in2, sep=""))

merge_output = merge(annotation, modules, by = "Module")

如何将path_in定义为参数（args）？

谢谢。

Answer 1

用适当的赋值运算符=替换<-并用单引号保护每个参数对我有用：

Rscript /tmp/RscriptArgs.R  \
  'path_in<-"/Users/test/GR/web-app/Rproject/Inputs/Rmerge/Description.csv"'  \
  'path_in2<-"/Users/test/IdeaProjects/Rproject/Inputs/Rmerge/Template_Auto.csv"'

其中/tmp/RscriptArgs.R是您在脚本中显示的内容。

Answer 2

双引号内有path_in=，但path_in2=在外面。这可能是问题吗？

Answer 3

谢谢，我只是解决了我的问题！

我应该使用“path_in ='/ Users / test / ...'”而不是“path_in = / Users / test / ...”。工作得很好。

Rscript "/Users/test/Scripts/arg_test.R" "path_in='/Users/test/GR/web-app/Rproject/Inputs/Rmerge/Gene-level Description for Modules.csv'" "path_in2='/Users/test/IdeaProjects/Rproject/Inputs/Rmerge/Template_Auto.csv'"

修复添加Dirk也很好（谢谢）！

Rscript：将路径文件定义为参数

3 个答案: