Question

我想监视嵌入在knitr文件中的一些非常冗长的并行化计算。

计算依赖于我编写的包，相关函数使用多核包中的mclapply进行并行化。此函数使用 utils 包中稍微修改的 txtProgressBar 实现输出进度条以监控计算进度。每当 mclapply 的迭代完成时，进度条将打印到终端并通过fifo连接进行更新。

当从文件中获取或直接调用该函数时，这可以正常工作，但是我发现无法在knitr中使用它。我已经尝试了相关的块选项，我可以将消息和警告重定向到终端，但不是进度条。有人可以帮忙吗？

很抱歉没有提供最小的工作示例，但我不知道如何在此设置中制作一个。

Answer 1

因为txtProgressBar()写入stdout，而knitr捕获stdout中的所有内容，所以目前要显示进度条并不容易，如果它是基于文本的并写入stdout。也许我可以在内部使用evaluate::evaluate(debug = TRUE)来实现你想要的，但我不完全确定它是否适用于文本进度条。

我目前的建议是：

使用基于GUI的进度条，例如tcltk::tkProgressBar()

将进度写入其他地方，例如（ab）使用stderr

```{r progress}
pb = txtProgressBar(min = 0, max = 100, file = stderr())
for (i in 1:100) {
  setTxtProgressBar(pb, i)
  Sys.sleep(0.05)
}
close(pb)
```

或在代码块之外使用您的功能，例如在内联表达式中（例如Rnw中的\Sexpr{my_multicore_function()}或Rmd中的`r my_cool_fun()`），因为内联评估不捕获stdout

Answer 2

在Yihui的回答中读到关于打印进度条到stderr的观点我建议暂时将stdout重定向到stderr sink()。

sink(stderr())

your_code()

sink()

Knitr：将块码输出重定向到终端

2 个答案: