Question

我需要创建一个字典，值可以留空或为零，但我需要键是ABCD字符与长度k的所有可能组合。例如，对于k = 8

lex = defaultdict(int)     
lex = {
'AAAAAAAA':0,
'AAAAAAAB':0,
'AAAAAABB':0,
...}

到目前为止，我已经尝试过这样的想法，我知道这是错的，但我不知道如何让它工作，我是python中的新手，所以请耐心等待我。

mydiction = {}
mylist = []
mylist = itertools.permutations('ACTG', 8)
for keys in mydiction:
    mydiction[keys] = mylist.next()
print(mydiction)

Answer 1

你可以在一行中完成，但你要找的是combinations_with_replacement

from itertools import combinations_with_replacement
mydict = {"".join(key):0 for key in combinations_with_replacement('ACTG', 8)}

Answer 2

您所描述的不是排列，而是替换的组合。在itertools模块中也有一个函数。

但请注意，那里有六万种组合。试图将它们全部放入字典中，或者甚至只是迭代它们，都不会产生令人满意的结果。

你的用例是什么？您可能只需要识别组合，而不是彻底地生成组合。并且每个组合本质上与特定的16位整数索引相关联，因此您可以存储和操作它。

Answer 3

尽管combination_with_replacement函数完全正常，但您将生成一个巨大的字符串列表，其碰撞率相对较高（约20％）

您要做的事情可以使用base4整数来完成。它们不仅处理速度更快，内存效率更高，而且它们也有0个冲突（每个数字都是它自己的哈希值），这意味着在最坏的情况下保证O（1）查找时间。

def num_to_hash(n, k, literals='ABCD'):
    return ''.join((literals[(n >> (k - x)*2 & 3)] for x in xrange(1, k+1)))

k = 2
d = {num_to_hash(x, k, 'ACTG'): 0 for x in xrange((4**k) - 1)}
print d

输出：

{'AA': 0,
 'AC': 0,
 'AG': 0,
 'AT': 0,
 'CA': 0,
 'CC': 0,
 'CG': 0,
 'CT': 0,
 'GA': 0,
 'GC': 0,
 'GT': 0,
 'TA': 0,
 'TC': 0,
 'TG': 0,
 'TT': 0}

如何使用排列生成字典的键

3 个答案: