如何在序列中找到最大k聚体

Question

示例输入：

  

ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT＃这是我们的顺序   必须搜索

 4 # this is the k-mer(integer value)

示例输出：

  

CATG GCAT

我不明白该怎么做。请帮我。提前谢谢。

Answer 1

如果我正确理解你的问题，可以通过以下方式查看这个问题：

s="ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT"
n=4
k=len(s)-2*n
klist = []
for i in range(k):
    kmer=s[i:i+n]
    if not(kmer in klist) and (kmer in s[i+n:]):
        klist.append(kmer)
print klist

除非我误解，否则你的例子似乎还有更多的人可以预料到：

['TGCA', 'GCAT', 'CATG', 'ATGA']

n = 5：

['TGCAT', 'GCATG', 'CATGA']

即使是n = 6：

['TGCATG', 'GCATGA']