Question

这是Element-Wise Matrix Multiplication in Rcpp

问题的后续行动

自从升级到Mavericks以来，我一直在与RcppArmadillo一起遇到各种各样的错误。我安装了Xcode 5.0.2和命令行工具。另外，来自Homebrew的gfortran。但我一直遇到下面的错误 -

> cppFunction("arma::mat schur(arma::mat& a, arma::mat& b) 
                       { return(a % b); }", depends="RcppArmadillo")


ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [sourceCpp_18474.so] Error 1
clang++  -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include  -    I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/RcppArmadillo/include"    -fPIC  "-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion" -c fileaf992bfb8f84.cpp -o fileaf992bfb8f84.o clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib -o sourceCpp_18474.so fileaf992bfb8f84.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -lgfortran /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/lib/libRcpp.a -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation 
Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput,  : 
Error 1 occurred building shared library.

WARNING: The tools required to build C++ code for R were not found.

Please install Command Line Tools for XCode (or equivalent).

# Contents of Makevars
$ cat ~/.R/Makevars 
CC=clang
CXX=clang++ 
CXXFLAGS="-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion"
FLIBS=-lgfortran

评论FLIBS=-lgfortran无效并导致更多错误消息 -

> cppFunction("arma::mat schur(arma::mat& a, arma::mat& b) { return(a % b); }", depends="RcppArmadillo")
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin8/4.2.3/x86_64'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/x86_64'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin8/4.2.3'
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [sourceCpp_50381.so] Error 1

提前致谢。

更新

根据以下Kevin和Dirk的回复建议，我重新安装了Rcpp，RcppArmadillo并从源代码内联并更新了FLIBS以指向实际目录。这解决了这个问题。

# Update FLIBS in ~/.R/Makevars
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
#Re-Install from source
install.packages(c("Rcpp","RcppArmadillo","inline"),type="source")
#Restart R

Answer 1

编辑：如果您是自制软件用户，则现在需要使用brew install gcc（gfortran不再单独提供gcc），然后您可以按照说明进行操作here要设置。

您必须手动将库符号链接到/usr/local/lib：

ln -s /usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/lib/libgfortran.* /usr/local/lib/

我认为brew link gfortran会处理这个问题，但显然它只对符号链接gfortran程序而不是实际的库。所以，不幸的是，你必须自己做。

（将4.8.2替换为您gfortran中使用的homebrew版本。）

或者，如果您想继续修改/usr/local/lib，可以使用

FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran

在您的~/.R/Makevars文件中，因此R知道在哪里找到gfortran库。

Answer 2

我只能建议你研究r-sig-mac list上的众多主题，SO上的不同答案以及rcpp-devel list上的帖子。

由于您的错误来自Fortran链接失败，因此也可以查看the standard page by Simon U.以及tools page点。 AFAIK你应该使用R的那个页面使用（较旧的）gfortran 4.2。*，但是我不是OS X用户。

2016年末编辑：我们现在在section 2.16 of the Rcpp FAQ中有更详细的说明。

RcppArmadillo在OS X Mavericks上编译错误

2 个答案: