Python,将字符串分成几个子串

时间:2013-11-10 17:36:17

标签: python bioinformatics

我有一串RNA,即:

AUGGCCAUA

我想通过以下方式生成所有子字符串:

#starting from 0 character
AUG, GCC, AUA
#starting from 1 character
UGG, CCA
#starting from 2 character
GGC, CAU

我编写了一个解决第一个子问题的代码:

for i in range(0,len(rna)):
  if fmod(i,3)==0:
    print rna[i:i+3]

我试图改变起始位置,即:

 for i in range(1,len(rna)):

但它产生了不正确的结果:

 GCC, UA #instead of UGG, CCA

你能不能给我一个暗示,我的错误在哪里?

4 个答案:

答案 0 :(得分:6)

你的代码的问题在于你总是从索引中提取子字符串,该子字符串可以被3整除。相反,试试这个

a = 'AUGGCCAUA'
def getSubStrings(RNA, position):
    return [RNA[i:i+3] for i in range(position, len(RNA) - 2, 3)]

print getSubStrings(a, 0)
print getSubStrings(a, 1)
print getSubStrings(a, 2)

<强>输出

['AUG', 'GCC', 'AUA']
['UGG', 'CCA']
['GGC', 'CAU']

<强>解释

range(position, len(RNA) - 2, 3)将生成一个公共区别为3的数字列表,从position开始直到列表的长度 - 例如,

print range(1, 8, 3)

1是起始号码,8是最后一个号码,3是常见差异,它会给出

[1, 4, 7]

这些是我们的起始指数。然后我们使用list comprehension生成像这样的新列表

[RNA[i:i+3] for i in range(position, len(RNA) - 2, 3)]

答案 1 :(得分:2)

这是你要找的吗?

for i in range(len(rna)):
    if rna[i+3:]:
        print(rna[i:i+3])

输出:

AUG
UGG
GGC
GCC
CCA
CAU

答案 2 :(得分:1)

我想到了这个oneliner:

a = 'AUGGCCAUA'
[a[x:x+3] for x in range(len(a))][:-2]

答案 3 :(得分:1)

def generate(str, index):
    for i in range(index, len(str), 3):
        if len(str[i:i+3]) == 3:
            print str[i:i+3]

示例:

In [29]: generate(str, 1)
UGG
CCA

In [30]: generate(str, 0)
AUG
GCC
AUA